24457.基于基因表達(dá)和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集成的蛋白質(zhì)進(jìn)化、功能重要性和動(dòng)態(tài)模塊化組織的研究

1、上海交通大學(xué)博士學(xué)位論文基于基因表達(dá)和蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集成的蛋白質(zhì)進(jìn)化、功能重要性和動(dòng)態(tài)模塊化組織的研究姓名：龐開放申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)指導(dǎo)教師：盛煥燁201102摘要與共表達(dá)之間的關(guān)系。本文進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)共表達(dá)的穩(wěn)定的功能模塊化不僅是約束蛋白質(zhì)復(fù)合物中的蛋白質(zhì)進(jìn)化地較慢的一個(gè)重要因素，而且也是約束蛋白質(zhì)復(fù)合物中的蛋白質(zhì)對(duì)以更相似的速率進(jìn)化的一個(gè)重要因素；而不共表達(dá)的瞬態(tài)的功能模塊化則不具有這種特性。從而，本文說(shuō)明了蛋白

2、質(zhì)復(fù)合物是借助共表達(dá)這一屬性而不只是模塊化這一屬性來(lái)約束其蛋白質(zhì)成員進(jìn)化的。再次，本文通過(guò)集成基因表達(dá)數(shù)據(jù)、功能模塊數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，把蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的中心節(jié)點(diǎn)分為四類：不共表達(dá)不共聚類的中心節(jié)點(diǎn)、不共表達(dá)共聚類的中心節(jié)點(diǎn)、共表達(dá)不共聚類的中心節(jié)點(diǎn)和共表達(dá)共聚類的中心節(jié)點(diǎn)。這四類中心節(jié)點(diǎn)不僅具有不同的網(wǎng)絡(luò)拓?fù)鋵傩院蜕飳W(xué)功能一致性，而且還具有不同的功能重要性。本文進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)大多數(shù)中心節(jié)點(diǎn)之所以更重要是由于它們作為功能模

3、塊或蛋白質(zhì)復(fù)合物的核心成員這一局部角色，而不是由于它們扮演著組織整個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)這一全局角色。從而，本文把中心節(jié)點(diǎn)分為四類來(lái)理解基因重要性能夠幫助更好地解決關(guān)于蛋白質(zhì)的度與基因重要性之間的關(guān)系的長(zhǎng)時(shí)間爭(zhēng)論。最后，本文通過(guò)集成基因表達(dá)數(shù)據(jù)、蛋白質(zhì)復(fù)合物數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)，把蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的中心節(jié)點(diǎn)分為四類：不共表達(dá)不共復(fù)合物的中心節(jié)點(diǎn)、不共表達(dá)共復(fù)合物的中心節(jié)點(diǎn)、共表達(dá)不共復(fù)合物的中心節(jié)點(diǎn)和共表達(dá)共復(fù)合物的中心節(jié)點(diǎn)。從不同方面

4、來(lái)分析，這四類中心節(jié)點(diǎn)在組織整個(gè)網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)中扮演著不同的角色。而且，這四類中心節(jié)點(diǎn)還具有不同的生物學(xué)功能一致性。這些結(jié)果支持了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)模塊化組織模式。此分類方法的合理性從對(duì)結(jié)構(gòu)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的中心節(jié)點(diǎn)的分析進(jìn)一步得到了驗(yàn)證。本文也說(shuō)明了此分類方法和上一段中的中心節(jié)點(diǎn)分類方法既有很好的對(duì)應(yīng)性又有很好的互補(bǔ)性。本文展示了此分類方法能夠幫助更好地理解蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的動(dòng)態(tài)模塊化組織模式。從而，本文至少部分地解決了關(guān)于date中