基于核糖體和線(xiàn)粒體基因序列的櫛江珧遺傳多樣性分析.pdf

1、櫛江珧(Atrina pectinata)在我國(guó)沿海分布較廣,經(jīng)濟(jì)價(jià)值、食用價(jià)值均很高。目前關(guān)于櫛江珧的研究相對(duì)較少,主要集中在形態(tài)學(xué)和繁殖生物學(xué)方面,群體遺傳學(xué)和分子生物學(xué)研究較少。為豐富櫛江珧遺傳學(xué)及分子生物學(xué)基礎(chǔ)研究資料,為櫛江珧遺傳育種提供科學(xué)依據(jù),本研究以野生櫛江珧?yàn)椴牧?運(yùn)用分子生物學(xué)技術(shù)手段探討了櫛江珧核糖體rRNA轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)序列特點(diǎn);并對(duì)我國(guó)野生櫛江珧群體進(jìn)行了遺傳多樣性分析,豐富櫛江珧群體遺傳學(xué)和分子生物學(xué)的研究?jī)?nèi)容;

2、最后采用Primer-walking技術(shù)測(cè)得櫛江珧線(xiàn)粒體基因組序列并進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。取得的主要結(jié)果如下:
　　利用特定引物對(duì)櫛江珧轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)的ITS-1及ITS-2基因序列片段進(jìn)行 PCR擴(kuò)增、測(cè)序,并分析片段堿基序列特征。結(jié)果表明:櫛江珧 ITS-1序列長(zhǎng)度為570 bp(T:20.2％、C:30.0%、A:22.3%和G:27.5%)、ITS-2為618 bp(T:22.3%、C:27.3%、A:23.5%和G:26.9%);與

3、魁蚶(Scapharca broughtonii)、櫛孔扇貝(Chlamys farreri)、美洲牡蠣(Crassostrea virginica)和菲律賓蛤仔(Ruditapes philippinarum)比較, ITS-1相似性在25.6%-38.1%之間、ITS-2相似性為24.5%-38.9%,說(shuō)明櫛江珧與所選的4種貝類(lèi)之間的進(jìn)化關(guān)系較遠(yuǎn)、種間變化很大,ITS序列可用于物種的分類(lèi)及鑒別。
　　采用通用引物對(duì)山東長(zhǎng)島、山

4、東文登、山東日照、廣東湛江和海南?？诘?個(gè)地理群體櫛江珧16S rRNA序列進(jìn)行擴(kuò)增、測(cè)序分析,得到59條441 bp的核苷酸序列。其中T、C、A、G和A+T的平均含量分別為29.91%、17.41%、25.74%、26.94%和55.65%,A+T含量高于G+C含量,共檢測(cè)到了9個(gè)單倍型和26個(gè)核苷酸多態(tài)位點(diǎn)。群體多樣性分析表明,文登群體具有較高的遺傳多樣性水平。AMOVA分析表明,五群體間總遺傳分化系數(shù)Fst=0.5007(P<0.

5、001),群體間遺傳分化略大于群體內(nèi)、群體間存在較高的遺傳分化。基于群體間遺傳距離構(gòu)建NJ和UPGMA分子進(jìn)化樹(shù),5個(gè)地理群體的櫛江珧聚為兩個(gè)支,長(zhǎng)島、文登、日照群體聚為一支,海南和湛江群體聚為另一支。
　　利用通用引物對(duì)5個(gè)櫛江珧野生群體(山東長(zhǎng)島、山東日照、山東文登、廣東湛江和海南海口)28S rRNA和COI基因片段進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序,分別得到983 bp和623 bp的片段,基于28S rRNA序列分析系統(tǒng)發(fā)生的結(jié)果表明:櫛江珧

6、與Atrina vexillumju具有較近的遺傳關(guān)系。基于 COI基因序列的遺傳多樣性分析結(jié)果顯示:文登群體具有最高的遺傳多樣性水平。AMOVA分析顯示,群體遺傳分化系數(shù)為0.1323(p<0.001),說(shuō)明櫛江珧遺傳變異主要來(lái)源于群體內(nèi)的變異。由28S rRNA和COI基因聚類(lèi)分析結(jié)果推測(cè)由于長(zhǎng)期的地理隔離珧南北方群體可能早已分化為不同亞種。
　　采用Long-PCR擴(kuò)增技術(shù)和步移法測(cè)序獲得了櫛江珧線(xiàn)粒體基因組全序列。該基因組