大白菜CO基因與ASY1基因的克隆及分析.pdf

1、大白菜(Brassicacampestrisssp.Pekinensis)為十字花科蕓薹屬植物中重要的蔬菜作物,其栽培面積和產(chǎn)量為各種蔬菜作物之首。早期抽薹是大白菜春季生產(chǎn)的主要障礙,嚴重影響著它的產(chǎn)量和品質(zhì)。因此,研究大白菜開花相關(guān)基因及調(diào)控的分子機制將為培育抗抽薹新品種提供理論基礎(chǔ)。減數(shù)分裂是有性生殖生物世代交替的轉(zhuǎn)折點,聯(lián)會和重組是減數(shù)分裂的關(guān)鍵事件,研究控制染色體聯(lián)會和重組的基因,為分析減數(shù)分裂過程中染色體聯(lián)會的分子調(diào)控奠定基礎(chǔ)

2、。
　　 本研究以自主構(gòu)建的大白菜BAC文庫為基礎(chǔ),用PCR方法篩選含有大白菜開花相關(guān)基因CO的BAC克隆,并對擴增產(chǎn)物進行序列分析;同時以大白菜‘85-1’自交系為試材,采用RT-PCR技術(shù)克隆和分析大白菜減數(shù)分裂相關(guān)基因ASY1。主要研究結(jié)果如下:
　　 1.根據(jù)大白菜基因組網(wǎng)站上公布的CO基因設(shè)計特異引物F1和R1,對47個384孔板的18048個克隆進行PCR篩選。通過47個一級混合池,48個二級混合池,72個單

3、克隆的三步PCR篩選,獲得了含有大白菜CO基因的3個BAC克隆,分別命名為BrCO97A1、BrCO140N21、BrCO147H21。
　　 2.對篩選到的3個BAC克隆進行PCR擴增,得到一個長度為1282bp,只有一個內(nèi)含子的CO基因序列,命名為BraCO。去掉內(nèi)含子的BraCO序列與用于全基因組測序的大白菜CO基因(Bra008669)進行比對,其相似性達到99.73％,且在576bp、866bp及922bp處發(fā)現(xiàn)3個S

4、NP位點,分別為A/T、G/A和A/G,相應(yīng)的產(chǎn)生了3個氨基酸變異即谷氨酰胺(Q)/組氨酸(H)、絲氨酸(S)/天冬酰胺(N)、賴氨酸(K)/谷氨酸(E)。利用NCBI站點的CD-Search分析了該序列的結(jié)構(gòu)域,含有CO基因的典型結(jié)構(gòu)域即N端的兩個B-BOX和C端的CCT結(jié)構(gòu)域。
　　 3.根據(jù)已公布的芥藍ASY1基因(AF410429)、擬南芥ASYl基因(NM105405)及擬南芥突變體ASY1基因(AF157556)序列

5、設(shè)計簡并引物F2和R2,并進行RT-PCR擴增,得到一個長為808bp的序列,編碼260個氨基酸。與大白菜基因組測序網(wǎng)站進行Blast比對,與Bra00422的氨基酸相似性達到99.23%。
　　 4.根據(jù)Bra004222設(shè)計特異性引物F3和R3,并進行RT-PCR擴增得到一個長1800bp的cDNA序列,該堿基序列與Bra004222的相似性達到98.61%,氨基酸相似性達到99%,并發(fā)現(xiàn)25個SNP位點,其中第115bp的