遼寧絨山羊毛囊興盛期皮膚cDNA文庫EST序列功能分析及兩條新基因的研究.pdf

1、遼寧絨山羊是我國特有的遺傳學(xué)資源，其產(chǎn)絨量位居全國第一，存在的不足是絨的直徑略粗，為了尋找與纖維直徑相關(guān)的基因，從而改變絨山羊絨毛直徑略粗的問題，本文對遼寧絨山羊毛囊興盛期皮膚cDNA文庫中的1，126條與冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中有功能的蛋白質(zhì)匹配的EST序列進(jìn)行了細(xì)致的功能分析，這1，126條EST序列的大小分布在200bp到1，900bp之間，其中904條EST序列具有非常高的相似性，138條EST序列相似性一般，只有84條EST序列相似

2、性很低。利用CAP3程序進(jìn)行聚類和拼接得到了243條拼接序列和883條非拼接序列，拼接率為21.6％。對1，126條EST序列進(jìn)行BLASTX比對表明：有4.5%的EST序列參與蛋白質(zhì)合成、包裝、折疊、修飾等生物學(xué)進(jìn)程；26.5%的EST序列與酶/催化相關(guān)；25.9%的EST序列與細(xì)胞內(nèi)活動相關(guān)；12.1%的EST序列與核酸相關(guān)；4.3%的EST序列參與免疫/防御性新陳代謝；5.9%的EST序列參與物質(zhì)和能量代謝；1.2%的EST序列與

3、毛發(fā)相關(guān)；15.1%的EST序列涉及各種疾病等；還有4.5%的EST序列沒有功能標(biāo)注。通過測通EST序列，我們得到81條全長序列，隨機(jī)選取兩條未知功能基因全長序列進(jìn)行研究，預(yù)測開放閱讀框所編碼的氨基酸，經(jīng)相似性分析比對后，確定兩條全長序列分別是基因：二甲基腺苷轉(zhuǎn)移酶-1型(DIMTIL)和有被小泡ζ亞基(ζ-COP)。對它們進(jìn)行深入研究發(fā)現(xiàn)，DIMT1L具有一個甲基轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域，三級結(jié)構(gòu)比較疏松，與它是親水性蛋白質(zhì)有關(guān)：ζ-COP是一條

4、小鏈，三級結(jié)構(gòu)簡單，也是親水性蛋白質(zhì)；通過家族歸屬分析得到：DIMT1L屬于核糖體RNA腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶家族，具有甲基轉(zhuǎn)移酶功能；ζ-COP屬于網(wǎng)格蛋白復(fù)合體小鏈家族，是COPI小泡的組成部分，通過信號肽預(yù)測，我們發(fā)現(xiàn)它存在一個信號識別位點(diǎn)，由此推測ζ-COP是COPI有被小泡的信號識別位點(diǎn)，通過信號識別，將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)出去；DIMT1L在線粒體有少量表達(dá)，在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中有微量表達(dá)，ζ-COP在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)中有表達(dá)。通過半定量RT-PCR、ge