利用基因芯片解析金柑和紐荷爾應(yīng)答潰瘍病的轉(zhuǎn)錄差異.pdf

1、柑橘潰瘍病是柑橘的主要病害之一，本研究以柑橘潰瘍病感病品種紐荷爾甜橙和抗性品種寧波金柑為材料，使用基因芯片技術(shù)分析兩者在接種潰瘍病致病菌后的基因表達(dá)譜差異，并使用半定量PCR驗(yàn)證了基因芯片結(jié)果的可靠性，最后應(yīng)用生物信息學(xué)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分析。結(jié)果如下：
　　 1.柑橘潰瘍病致病菌離體接種試驗(yàn)表明，接種后葉片出現(xiàn)典型病發(fā)癥狀的時(shí)間在3-5天，第5天發(fā)病率為近100％。
　　 2.芯片結(jié)果利用R軟件bioconduct

2、or平臺(tái)下的RankProd芯片統(tǒng)計(jì)軟件包對(duì)Affymetrix芯片雜交結(jié)果的CEL文件進(jìn)行自主分析，以|Fold-Change|＞=4，F(xiàn)DR＜=0.5為標(biāo)準(zhǔn)篩選差異基因，篩選結(jié)果表明：紐荷爾上調(diào)基因610個(gè)，下調(diào)基因714個(gè)；金柑上調(diào)基因530個(gè)，下調(diào)基因264個(gè)；其中金柑與紐荷兒共上調(diào)基因150個(gè)，共下調(diào)基因80個(gè)；金柑中上調(diào)倍數(shù)高于紐荷爾的基因97個(gè)，金柑中上調(diào)紐荷爾中下調(diào)的基因?yàn)?個(gè)；金柑中特異上調(diào)基因376個(gè)。取統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果

3、中二者共上調(diào)且金柑中上調(diào)倍數(shù)高于紐荷爾的基因97個(gè)，金柑上調(diào)紐荷爾下調(diào)的基因5個(gè)，金柑中特異上調(diào)的基因376個(gè)，共478個(gè)基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析，用Annot8r生物信息學(xué)軟件對(duì)478個(gè)基因進(jìn)行了功能注釋包括GO、EC。結(jié)果表明其中存在許多已經(jīng)報(bào)道過具有抗病相關(guān)功能的基因，如水楊酸、茉莉酸、類黃酮、HR、SAR、氣孔調(diào)節(jié)、激素運(yùn)輸、乙烯、類苯基丙烷、木質(zhì)素等相關(guān)抗病基因。除此之外，在研究中還有許多未報(bào)道的但差異表達(dá)顯著的基因，其功能有待