柯薩奇病毒的rtpcr實驗

1、屬于小ＲＮＡ病毒科腸道病毒屬，最易在靈長類動物細胞中生長。病毒分為Ａ、Ｂ兩組?？滤_奇病毒Ａ組有２３個血清型，柯薩奇病毒Ｂ組有６個血清型。,柯薩奇病毒,單股正鏈RNA，全長大約7.4Kb，病毒直徑為25～30nm，球形，無包膜，病毒衣殼由VP1-VP4等構(gòu)成，呈20面體立體對稱。,柯薩奇病毒(Coxsackie virus，CV ) 的診斷方法：病毒分離、動物接種 操作煩瑣, 成功率低, 影響診斷的敏感性；ELISA 法

2、 檢測患者血清中相應的特異性IgM 、 IgG抗體, 但不能獲得有關(guān)病毒更多的信息；RT - PCR 法 既可以通過檢測病人樣本中的病毒RNA 來明確診斷, 也可以通過進一步的測序來分析病毒流行株特定序列, 為基因分型提供依據(jù)。,兩端為保守的非編碼區(qū)，中間為編碼區(qū)。5’端共價結(jié)合一小分子蛋白質(zhì)Vpg（約7kDa），與病毒RNA合成和基因組裝配有關(guān)；3’端帶有polyA尾。編碼區(qū)編碼的病毒結(jié)構(gòu)蛋白VP1～VP4，VP1、VP

3、2和VP3均暴露在病毒衣殼的表面，有中和抗原位點；VP4位于衣殼內(nèi)部，一旦病毒VP1與受體結(jié)合后，VP4即被釋出，衣殼松動，病毒基因組脫殼穿入。,逆轉(zhuǎn)錄PCR，或者稱反轉(zhuǎn)錄PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR)，是聚合酶鏈式反應(PCR)的一種廣泛應用的變形。在RT-PCR中，由一條RNA單鏈轉(zhuǎn)錄為互補DNA(cDNA)稱作“逆轉(zhuǎn)錄”，由依賴RNA的DNA聚合酶（逆轉(zhuǎn)錄酶）來完成。一條RNA鏈被逆轉(zhuǎn)

4、錄成為互補DNA，再以此為模板通過PCR進行DNA擴增。,Types of RT-PCR Reactions,Standard RT-PCR usually with one-step (recommended)Sensitive and specific Nested PCRMore sensitive than standardContamination is a major problemOnly for very e

5、xperienced labs Real Time RT-PCRSensitive and specificReagent and equipment costs are a factorHigh throughput,RT-PCR實驗程序：標本的采集、標本RNA的提取、引物、RT-PCR反應體系、溫度循環(huán)參數(shù)、瓊脂糖電泳、凝膠成像、結(jié)果判定及序列測定,一步法：反轉(zhuǎn)錄PCR在一個管子里完成，得到的全部cDNA產(chǎn)物都一起經(jīng)PCR

6、擴增，靈敏度更高。兩步法：反轉(zhuǎn)錄和PCR分開，靈活而且嚴謹，但靈敏度不如前者高。,RNA操作注意事項,,,,,全程戴手套 滅菌、清潔的塑料管或無RNA酶的玻璃制品 高壓帶濾芯槍尖 RNA提取試劑要保證無RNA酶 所有試劑開蓋時要標明日期 在RNA提取、RT-PCR和測序過程中使用無RNA 酶水 操作快捷，提取后的RNA應放在-70度 備有冰盒，全程中保持RNA在低溫狀態(tài)下 避免反復凍融RNA，防

7、止RNA降解。,PCR反應系統(tǒng)的組成： ⑴耐熱DNA聚合酶（Taq酶）：這是由耐熱水生細菌體內(nèi)提取的一種DNA聚合酶。 ⑵模板DNA：即待分析的目的DNA，其長度不宜大于10kb。 ⑶兩種引物：為了保證DNA聚合酶能夠?qū)蓷l互補鏈均能進行延伸，需要兩種引物，分別位于兩條互補模板DNA鏈的3`-端。 ⑷四種脫氧核糖核苷酸：用作底物的dNTPS。 ⑸緩沖溶液：保證DNA聚合酶催化時所需的適當?shù)娜芤簆H值,PCR技術(shù)類似于DNA的天

8、然復制過程，其特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。PCR由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構(gòu)成： ①模板DNA的變性：模板DNA經(jīng)加熱至93℃左右一定時間后，使模板DNA雙鏈或經(jīng)PCR擴增形成的雙鏈DNA解離，使之成為單鏈，以便它與引物結(jié)合，為下輪反應作準備； ②模板DNA與引物的退火(復性)：模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后，溫度降至55℃左右，引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結(jié)合； ③引物的延伸

9、：DNA模板--引物結(jié)合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP為反應原料，靶序列為模板，按堿基配對與半保留復制原理，合成一條新的與模板DNA 鏈互補的半保留復制鏈。重復循環(huán)變性--退火--延伸三過程，就可獲得更多的“半保留復制鏈”，而且這種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個循環(huán)需2～4分鐘，2～3小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。到達平臺期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。,PCR 注意事項,PCR關(guān)鍵

10、環(huán)節(jié)①模板;②引物;③酶 dNTP;④循環(huán)條件;尋找原因亦應針對上述環(huán)節(jié)進行分析研究。,模 板,1、雜質(zhì)蛋白質(zhì)；特別是染色體中的組蛋白；2、Taq酶抑制劑；3、在提取制備模板時丟失過多；4、模板核酸變性不徹底；5、模板降解。 RT-PCR的關(guān)鍵步驟是在RNA的反轉(zhuǎn)錄，要求RNA模版為完整的且不含DNA、蛋白質(zhì)等雜質(zhì)。,引 物,引物質(zhì)量、濃度、兩條引物的濃度是否對稱，是PCR失敗或擴增條帶不理想

11、、容易彌散的常見原因。有些批號的引物合成質(zhì)量有問題，兩條引物一條濃度高，一條濃度低，造成低效率的不對稱擴增，對策為：①選定一個好的引物合成單位;②引物的濃度不僅要看OD值，更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳，一定要有引物條帶出現(xiàn)，而且兩引物帶的亮度應大體一致，如一條引物有條帶，一條引物無條帶，此時做PCR有可能失敗，應和引物合成單位協(xié)商解決。如一條引物亮度高，一條亮度低，在稀釋引物時要平衡其濃度。③引物應高濃度小量分裝保存，防止多次

12、凍融或長期放冰箱冷藏部分，導致引物變質(zhì)降解失效。④引物設(shè)計不合理，如引物長度不夠，引物之間形成二聚體等。,Mg2+ 酶,Mg2+濃度：Mg2+離子濃度對PCR擴增效率影響很大，濃度過高可降低PCR擴增的特異性，濃度過低則影響PCR擴增產(chǎn)量甚至使PCR擴增失敗而不出擴增條帶。酶失活：需更換新酶，或新舊兩種酶同時使用，以分析是否因酶的活性喪失或不夠而導致假陰性。,物理原因,變性對PCR擴增來說相當重要，如變性溫度低，變性時間短，極

13、有可能出現(xiàn)假陰性;退火溫度過低，可致非特異性擴增而降低特異性擴增效率，退火溫度過高影響引物與模板的結(jié)合而降低PCR擴增效率。,出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶,PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過高， Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有：1、減少酶量，或調(diào)換另一來源的酶；2、減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)；3、減少模板量。,

14、如何避免污染,嚴格分區(qū)：標本處理區(qū)與PCR擴增區(qū)、產(chǎn)物分析區(qū)，要有 一定的隔離，操作器材專用，要有一定的方向性。如：體系配制→ 標本制備→PCR擴增→產(chǎn)物分析→產(chǎn)物處理。試劑：引物和探針盡量分裝，不要原瓶多次取用。加樣：原則是模板最后加，其他試劑按照體積從大往小的加。操作多份樣品時，制備反應混合液，先將dNTP、緩沖液、引物和酶混合好，然后分裝，這樣即可以減少操作，避免污染，又可以增加反應的精確度。耗材：使用一次性吸頭，嚴禁與P

15、CR產(chǎn)物分析室的吸頭混用； PCR產(chǎn)物：機器運行完后，取出PCR產(chǎn)物時不能隨便丟棄，應該用塑料手套或其他打結(jié)包好后丟入垃圾桶。,TRIZOL法提取核酸RT-PCR法檢測柯薩奇病毒（兩步法）逆轉(zhuǎn)錄（RT）聚合酶鏈反應（PCR）PCR產(chǎn)物的檢測和鑒定引物：CVB3的3D基因引物,TRIZOL法提取核酸1）取250ul病毒懸液加到1.5ml離心管中，然后加入750ul TRIZOL溶液，混勻5秒后離心。2）加入200ul 氯仿

16、溶液，充分混勻5秒鐘3）室溫放置10分鐘后，10000RPM，室溫離心20分鐘4）將上清液轉(zhuǎn)移到一支新的1.5ml離心管中5）再加入500ul異丙醇溶液，搖勻10秒鐘6）室溫靜置至少15分鐘7）14000RPM，4℃離心25分鐘8）倒掉上清液，加入950ul冰冷的70%乙醇9）14000RPM，4℃離心20分鐘10）用吸尖小心吸出上清液倒掉11）室溫干燥后加入15ul dH2O，-70℃保存,逆轉(zhuǎn)錄（RT）配液：

17、RNA 3μl（1μg）隨機引物 1μl 加水至10μl混勻，瞬時離心，70℃ 5min立即冰水浴，瞬時離心，依次添加下列試劑 M-MLV Buffer 5× 4μl dNTP 10mM 1μlM-MLV 200U/μl 1μl 加水至20μl，混勻，瞬

18、時離心，42℃ 15min；95℃ 5min；4℃ 維持。cDNA于-20℃ 冰箱凍存。,,,聚合酶鏈反應（PCR）配液：25ul體系 2×mix12.5 × PrimerA(100ug/ml) 1ul× PrimerS(100ug/ml) 1ul× c