豬DNMT1基因的免疫生物學(xué)初步研究.pdf

1、表觀遺傳學(xué)又稱“擬遺傳學(xué)”、“表遺傳學(xué)”、“外遺傳學(xué)”、“后遺傳學(xué)”，是軟遺傳的重要組成部分。雖然表觀遺傳涉及多個內(nèi)容，但DNA甲基化卻是表觀遺傳研究的最核心、最主要的內(nèi)容之一。DNMT1是一種甲基化轉(zhuǎn)移酶，在細(xì)胞中主要承擔(dān)DNA甲基化維持的生物學(xué)功能。目前，在人、小鼠、擬南芥等動植物中，對DNMT1基因開展了大量的研究，得到了一系列豐碩的結(jié)果。不過，這研究主要集中在模式動植物，在家畜中的研究則不夠深入，而系統(tǒng)地從免疫角度探討DNMT1

2、基因功能的研究則更加不足。
　　DNMT1基因參與了機體內(nèi)絕大多數(shù)生物學(xué)過程的調(diào)控，與免疫調(diào)控也有密切的關(guān)系。鑒于此，本研究主要以豬為研究對象，以免疫為重點視角，擬對豬的DNMT1基因開展初步的研究，分別從系統(tǒng)發(fā)育樹、可變剪切體、偶聯(lián)轉(zhuǎn)錄組等角度，對豬DNMT1基因的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系，該基因在鼻粘膜、腦淋巴結(jié)、骨髓、胸腺、脾等免疫組織中的可變剪切情況，以及基于外周血細(xì)胞模型的DNMT1基因的偶聯(lián)轉(zhuǎn)錄組開展了較為系統(tǒng)的研究，初步得到研究

3、結(jié)果如下:
　　1.用mega3.1構(gòu)建DNMT1基因在多個物種間的系統(tǒng)發(fā)生樹，從進(jìn)化角度揭示了豬DNMT1基因與其他物種DNMT1基因的分化關(guān)系，發(fā)現(xiàn)DNMT1基因在各物種間的系統(tǒng)遺傳距離各不相同，但在家養(yǎng)農(nóng)業(yè)動物之間具有更高的保守性。
　　2.利用RT-PCR技術(shù)，鑒定了豬DNMT1基因的可變剪切體DNMTo1和DNMTo2，并系統(tǒng)地檢測了鼻粘膜、腦淋巴結(jié)、骨髓、胸腺、脾等免疫組織及對照組織中的DNMT1基因mRNA及其

4、可變剪切體的表達(dá)情況，結(jié)果發(fā)現(xiàn)Dnmt1s、Dnmt1o1、Dnmt1o2在各個免疫組織中均有表達(dá)，但其豐度和相互間比例在各免疫組織間呈現(xiàn)出差異。
　　3.以豬外周血細(xì)胞為模型，利用豬Affymetrix表達(dá)譜芯片建立了DNMT1基因的偶聯(lián)轉(zhuǎn)錄組(coupling transcriptome)的分析框架，包括基于DNMT1基因?qū)?yīng)探針組(probesets)的分布檢測、質(zhì)量控制分析、差異表達(dá)基因鑒定、聚類分析、GO注釋等。

5、　　4.以探針組Ssc.24344.1.S1_a_at表達(dá)值的兩尾為基礎(chǔ)，鑒定出差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本共161個;以探針組Ssc.24344.1.S1_ at表達(dá)值為協(xié)變量，鑒定出差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本135個。
　　5.利用降維策略初步探討了DNMT1基因表達(dá)變異對基因組表達(dá)模式的影響。我們采用非負(fù)矩陣因子化方法對經(jīng)過非特異性過濾后的表達(dá)矩陣進(jìn)行降維處理，構(gòu)建出10個新的因子化“性狀”，并估計了DNMT1基因與各因子之間的相關(guān)系數(shù)與回歸系數(shù)，從