全基因組預(yù)測phenylobacteriumzucineumhlk139;t的外排蛋白

1、浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院碩士學(xué)位論文全基因組預(yù)測Phenylobacterium zucineum HLK1的外排蛋白姓名：嚴(yán)智宇申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：腫瘤學(xué)指導(dǎo)教師：胡汛20080501浙江大學(xué)碩士研究生畢業(yè)論文l6 S ．2 3 S ．5 S r R N A 操縱子。H L K l 1 基因組的一個顯著特征是高G C 含量，位于已全基因組測序的3 4 3種細(xì)菌基因組中的第四位。而另外幾種高G C 的細(xì)菌大多屬于放線菌綱。由于放線菌同時具有細(xì)

2、菌和真菌的特征，從生物進化的角度看，它還是屬于介于細(xì)菌與真菌之間的過渡類型。P z “c 伽P 甜聊基因組的高G C 含量不僅預(yù)示著復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)，而且可以進一步探求該菌與放線菌之間在高G C 含量上的潛在關(guān)系。在已全基因組測序的細(xì)菌基因組中，與Pz 船伽P z 冊同源性最高的是新月柄桿菌( C c r P F c P 甩f 螂) 。Cc 陀粥P 療f 淞是一種用于研究細(xì)胞分化、不對稱分裂、細(xì)胞周期調(diào)控的單細(xì)胞模式生物，單個菌細(xì)胞可分裂

3、成兩個不同類型的細(xì)胞，與病原體有許多共同的基因。其中的c 仃A 基因是C 翻曬c P 門f 螂中控制細(xì)胞周期的主調(diào)控基因，具有細(xì)菌生存必須的并具有轉(zhuǎn)錄的自我調(diào)控能力，編碼一種二元信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)( T 、Ⅳo - c o m p o n e n ts i 印a l - t r a m d u 砸o ns y s t e m ) 關(guān)鍵應(yīng)答調(diào)控子。二元信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)能夠感應(yīng)外界環(huán)境的變化，繼而把信息傳遞給內(nèi)部系統(tǒng)，在病原菌對宿主的識別和侵襲、進一

4、步的致病或共生等過程中起著非常重要的作用。我們在P 刎c 加P 甜聊中找到了c 仃A 與同源性高達9 3 ％的序列，命名為c 臼．Z ，對于進一步探討只z 卯加e ”聊可能的致病作用具有重要的意義。根據(jù)注釋的結(jié)果我們發(fā)現(xiàn)，P 粼加P z 冊共編碼3 6 8 l 條蛋白( 染色體3 5 3 4條，質(zhì)粒3 2 7 條) 。在這其中，3 ，7 1 5 個可以和非冗余蛋白庫比對上。而在能夠比對上的這些蛋白中，8 6 6 個是保守的假定蛋白，2

5、，8 4 9 個蛋白有已知或者預(yù)測的功能。大量功能未知的序列提示著新功能和新基因存在的可能。P 刪c 加P 甜聊的基因組中含有豐富的二元信號系統(tǒng)，轉(zhuǎn)錄調(diào)控子，和熱休克反應(yīng)蛋白，使得菌株能夠在轉(zhuǎn)錄和翻譯后水平對外界的刺激做出相應(yīng)的反應(yīng)。在這1 0 2 個二元信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)蛋白中( 1 1 個編碼基因位于質(zhì)粒上) ，有3 6 個組氨酸激酶，4 8 個反應(yīng)調(diào)控子，1 8 個和組氨酸激酶、反應(yīng)調(diào)控子融合的雜交蛋白。1 6 對組氨酸激酶和反應(yīng)調(diào)控子