MAPS-基因整合位點(diǎn)高通量測序分析的新方法.pdf

1、基因整合是指外來的DNA分子插入到宿主基因組中的基因突變事件，包括轉(zhuǎn)座子、逆轉(zhuǎn)錄病毒、逆轉(zhuǎn)錄基因治療載體等在自然或人工過程中的整合行為?；蛘辖M從全基因組水平分析整合事件，是病毒致癌機(jī)制研究，癌基因整合突變篩選和基因治療載體開發(fā)等研究領(lǐng)域重要的遺傳學(xué)分析手段。
　　 目前，基因整合位點(diǎn)主要通過PCR方法分離并經(jīng)測序鑒定。第二代測序技術(shù)的出現(xiàn)簡化了整合位點(diǎn)分析的過程。反向PCR，接頭PCR，線性擴(kuò)增PCR等各種翼側(cè)序列擴(kuò)增技術(shù)與

2、高通量的454測序技術(shù)結(jié)合，為相關(guān)領(lǐng)域的研究積累了大量寶貴的整合信息。為了獲取更全面的基因整合信息，更新的方法應(yīng)該達(dá)到基因整合組分析的要求。雖然，最新的非限制性線性擴(kuò)增PCR和Mu噬菌體介導(dǎo)PCR具有分析全基因組整合位點(diǎn)的潛能，但是兩者都存在一定的技術(shù)難度。
　　 本論文開發(fā)的大規(guī)模錨定平行測序(massive anchored parallel sequencing，MAPS)能夠從全基因組水平分離和鑒定整合序列。MAPS利用

3、機(jī)械能將DNA片段化，從而避免了酶切引起的整合位點(diǎn)分離偏好并為后期整合位點(diǎn)的識(shí)別增加置信。本法改造Illumina的測序接頭使之介導(dǎo)整合序列的分離和擴(kuò)增，并由此結(jié)合Illumina雙端測序技術(shù)用以高通量鑒定整合位點(diǎn)。以乙肝陽性的肝癌組織DNA樣品為例，單次多元化測序分析成功地在6對(癌和癌旁)組織樣品中鑒定了68個(gè)整合位點(diǎn)，而且結(jié)果定量地反映了各個(gè)整合位點(diǎn)的克隆頻率。最后，本文也分析了非限制性和半定量的MAPS方法具有很強(qiáng)的拓展性和移植