一簇海洋放線菌的MLSA分析及其DNA降解現(xiàn)象的研究.pdf

1、深海微生物由于長期生活在低溫、高壓、黑暗等極端環(huán)境中，形成了極為獨特的基因形式和代謝機(jī)制，對深海微生物的研究是現(xiàn)代海洋微生物的重要組成部分。就極端環(huán)境而言，放線菌生長慢、分離困難，發(fā)現(xiàn)的物種少，對它們的分類學(xué)、生理學(xué)、遺傳學(xué)、生態(tài)學(xué)、適應(yīng)機(jī)制的研究都不多，因此，尋找具有海洋特性的深海本土放線菌并對其基因及代謝機(jī)制進(jìn)行研究具有重要的意義。 本課題組從14個深海沉積物樣品中共分離得到22株16S rDNA高度同源的鏈霉菌菌株，其鹽依

2、賴性生長和細(xì)胞脂肪酸組分特征暗示其為海洋放線菌。本文使用16S rDNA、多基因位點序列分析(MLSA分析)和BOX-PCR指紋圖譜對該群放線菌進(jìn)行了精細(xì)的聚類分析，將其分為三簇，對這三簇菌株的培養(yǎng)特征和抗菌活性等進(jìn)行了研究，并從中找到一株潛在的新種。 DNA硫修飾是在變鉛青鏈霉菌中首次發(fā)現(xiàn)的一種DNA骨架上的生理修飾，硫修飾的DNA在普通電泳或高壓脈沖電泳過程中容易降解(Dnd表型)。大量的海洋環(huán)境DNA序列分析結(jié)果顯示硫修

3、飾可能在海洋微生物中有廣泛的分布。本文對自主分離的86株深海放線菌和157株紅樹林放線菌進(jìn)行篩選，共獲得17株具有dnd基因和存在Dnd降解現(xiàn)象表型的菌株，分屬于鏈霉菌屬的9個種和擬諾卡氏屬的1個種。 根據(jù)dndC基因的序列相似性，克隆了禾粟鏈霉菌、廈門鏈霉菌、南極洲擬諾卡氏菌三株菌株的dnd基因簇。對獲得的基因簇和其編碼的蛋白序列進(jìn)行了分析，結(jié)果表明與已知dnd基因簇同源性分別84％、97％、75％，并對其蛋白的保守區(qū)域進(jìn)行了