我國傷寒和甲型副傷寒沙門菌PFGE的分型研究.pdf

1、背景與目的：傷寒沙門菌和甲型副傷寒沙門菌是引起傷寒和副傷寒的主要致病菌，目前傷寒和副傷寒在全世界尤其在東南亞、非洲等許多發(fā)展中國家依然是一個(gè)嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題。據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì)，2004年全球約有2160萬人患傷寒，541萬人患副傷寒，共導(dǎo)致約22萬人死亡。在我國傷寒和副傷寒是重點(diǎn)防治的傳染病之一，被列為乙類傳染病。1990年以前，我國不同地區(qū)傷寒、副傷寒發(fā)病率在10／10萬-50／10萬之間波動(dòng)，1990年以后，發(fā)病率有所降低，在4

2、.08／10萬-10.45／10萬之間。但是近年出現(xiàn)新的流行趨勢，甲型副傷寒在一些省份出現(xiàn)并迅速流行，在局部地區(qū)甲型副傷寒甚至超過傷寒成為優(yōu)勢菌感染，并表現(xiàn)為流行地區(qū)逐漸擴(kuò)大。 在傳染病的監(jiān)測、暴發(fā)識(shí)別和追蹤溯源方面，分子分型方法對(duì)病原學(xué)的分析有著重要的作用。脈沖場凝膠電泳技術(shù)(PFGE)是分子分型的重要技術(shù)之一，它重復(fù)性好、結(jié)果穩(wěn)定、易于標(biāo)準(zhǔn)化，已在分子流行病學(xué)分析中得到了廣泛應(yīng)用。 本研究使用PulseNet Asi

3、a Pacific推薦的基于鼠傷寒沙門菌的PFGE分型方案，初步建立了我國傷寒沙門菌的PPGE分型數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫所有的菌株為中國疾病預(yù)防控制中心傳染病控制所(ICDC)保存的我國自1959年至2007年期間分離的傷寒沙門菌菌株共930株,Xba I酶切PFGE電泳后用BioNumcries(Rcrsion 4.0)數(shù)據(jù)庫軟件處理，構(gòu)建我國傷寒沙門菌分離株的PFGE分型數(shù)據(jù)庫，并進(jìn)行聚類分析(UPGMA)，聚類相似性系數(shù)在41.4％-10

4、0％之間，可分為455種帶型，每種帶型包含1～44株菌，平均每種帶型包含2株菌，38種帶型在不同的省份交叉出現(xiàn)，而418種帶型屬于每個(gè)省份的獨(dú)特的帶型，63種帶型在不同的年份交叉出現(xiàn)，其余的393種帶型屬于每個(gè)年份的獨(dú)特的帶型。各地之間存在著差異明顯的多個(gè)克隆系，并在不同的年份出現(xiàn)，提示了這些分離株的變異度比較大。而有些帶型在不同年份的反復(fù)出現(xiàn)，反應(yīng)了傷寒沙門菌不斷變異中的一種相對(duì)的穩(wěn)定型。本數(shù)據(jù)庫能夠與國際實(shí)驗(yàn)室監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)連接和共享，可

5、以為我國傷寒監(jiān)測分析以及國際化的傷寒預(yù)警和應(yīng)急反應(yīng)服務(wù)。 由于發(fā)達(dá)國家甲型副傷寒發(fā)病率很低，在0.4／10萬-3.7／10萬之間，多呈散發(fā)，PulseNet公布的沙門菌PFGE標(biāo)準(zhǔn)化方案主要是針對(duì)鼠傷寒沙門菌血清型。近年來，甲型副傷寒在我國和東南亞國家引起流行，在對(duì)甲型副傷寒沙門菌分離株的監(jiān)測分析中，發(fā)現(xiàn)使用針對(duì)鼠傷寒沙門菌的PFGE分型方案在用于甲型副傷寒沙門菌的分析時(shí)，其分辨能力有限。為探索更適合于甲型副傷寒沙門菌分離株的P

6、FGE分析程序，因此在本研究中對(duì)核酸內(nèi)切酶以及PFGE電泳參數(shù)進(jìn)行優(yōu)化篩選，選擇XbaI、Spe I和Xho I三種限制性內(nèi)切酶作為選定的內(nèi)切酶，在甲型副傷寒沙門菌的PFGE分子分型的幾種電泳參數(shù)中，通過比較選擇每種酶區(qū)分能力最強(qiáng)的電泳參數(shù)，并選出一種首選酶的PFGE分析過程。對(duì)于每種酶選擇不同的電泳參數(shù)對(duì)甲型副傷寒沙門菌菌株進(jìn)行分析，通過比較不同參數(shù)的電泳圖譜獲得的分辨率，選擇三種酶的具有最大區(qū)分能力的電泳參數(shù)，進(jìn)一步確定最佳的酶。

7、 結(jié)論：通過對(duì)來自不同年代和不同地區(qū)的33株甲型副傷寒沙門菌進(jìn)行相似度和分辨率的分類和比較分析，發(fā)現(xiàn)使用Xba I酶切的PFGE電泳參數(shù)1.5-29s，20h；使用印Spe I酶切的PFGE電泳參數(shù)1-20s，20h=使用Xho I酶切的PFGE電泳參數(shù)2.2-29s，20h，分辨率最高，分成的型別最多分別為17種，23種和15種。再對(duì)這三種酶進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)Spe I的分辨率最佳，由此確定甲型副傷寒PFGE最佳內(nèi)切酶和電泳參數(shù)。利