受松-楊柵銹菌侵染的楊樹miRNA表達特征及其調控作用.pdf

1、楊樹葉銹病是由落葉松-楊柵銹菌（Melampsoralarici-popul ina）引起的非常嚴重的一種楊樹病害，在世界范圍內造成重大損失。microRNA(miRNA)是一類長20～24 nt的小分子單鏈非編碼RNA，能在轉錄后水平調節(jié)植物的生長發(fā)育、細胞分化、新陳代謝及響應生物和非生物脅迫等過程。楊樹作為重要的的模式樹種，對于miRNA的研究已經非常深入。國內外對楊樹非生物脅迫下的miRNA研究主要集中在冷、熱、干旱、高鹽、機械壓

2、力脅迫下miRNA的種類及其調控作用。但是在楊樹生物脅迫尤其是世界性重大病害的銹菌侵染下的miRNA的研究較少。本文通過高通量測序技術和生物信息學分析，鑒定受松-楊柵銹菌侵染下的川楊miRNA的種類，預測miRNA的靶基因，并對其中與抗病相關的靶基因進行驗證，最后構建miRNA過表達載體，通過根癌農桿菌介導法轉入楊樹，從而深入了解楊樹受病原菌侵染時miRNA的調控作用。主要研究結果如下:
　　1.受銹菌侵染川楊miRNA多樣性

3、r>　　構建非親和與親和性楊樹-柵銹菌互作條件下的楊樹sRNA文庫，進行高通量測序。在三個文庫中共鑒定得到90個已知的miRNAs，屬于42個家族，來自313個基因組位點。豐度高的已知miRNA家族有MiR156、MiR166、MiR167、MiR168等，這些miRNAs在不同物種中高度保守。用Mireap軟件一共預測出378個新的miRNAs，來自508個基因組位點。豐度高的miRNA有novel_mir_75、novel_mir_

4、144、novel_mir_91等。
　　用qRT-PCR進一步分析川楊受落葉松-楊柵銹菌侵染后0、12、24、48、96和144 h10個miRNAs的時間動態(tài)表達水平。結果表明miRNA的表達水平隨著銹菌病程的發(fā)展而變化，且在不同菌系侵染下存在差異。在接種無毒菌株Sb052后大部分miRNAs在48 hpi上調，相反，在毒性菌株Th053侵染48 hpi大部分miRNAs下調。從這些結果推測，miRNA可能通過改變某些miRN

5、A的表達，來間接調節(jié)相關防衛(wèi)基因的表達，在銹菌侵染楊樹后發(fā)揮重要作用。
　　2.川楊miRNA靶基因預測和功能注釋
　　采用華大基因自主研發(fā)的程序在三個文庫中預測了大量的靶基因，對這些靶基因進行KEGG通路注釋分析發(fā)現，對于已知miRNAs，占總靶基因百分比最多的途徑是新陳代謝途徑，然后是植物-病原菌互作途徑;而對于新的miRNA，占靶基因最多的途徑是植物-病原菌互作途徑，新陳代謝途徑次之。因此，在楊樹受到病原菌侵染后，主要

6、是植物-病原菌互作和新陳代謝途徑起作用。
　　對三個文庫中的miRNA進行差異表達分析，一共鑒定出38個已知的和92個新的miRNAs差異表達，這些miRNAs在響應病原菌脅迫時發(fā)揮重要作用。相同miRNA的表達水平在不同的銹菌處理下表達不同，且在銹菌侵染下川楊miRNAs的表達水平更多的表現為抑制。在差異表達的miRNAs中，有27個（20個新的和7個已知的）miRNAs的靶基因與銹菌侵染有關，通過KEGG pathway注釋發(fā)

7、現這些靶基因主要是調控編碼抗病蛋白、絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶、轉錄因子和其他相關蛋白的基因。
　　3.靶基因驗證及miRNA對靶基因的調控
　　用RLM-5，RACE驗證與病害相關的miR482a的靶基因RPM1和RPS2及切割位點，結果表明miR482a與兩個靶基因mRNA均在特定位點互補，miR482a對RPM1在一個位點切割，但是，它對RPS2的切割位點有兩個。且RPM1和RPS2與數據庫中毛果楊的NBS-LRR類家族蛋

8、白基因相似性較高。
　　對靶基因RPS2進行全長擴增和生物信息學分析，獲得3012 bp的全長序列，編碼751個氨基酸，包含2256 bp的開放閱讀框。保守結構域分析發(fā)現其具有NBS-LRR類抗病基因典型的NB-ARC和LRR結構域。靶基因編碼的預測蛋白在NCBI中進行ProteinBLAST，序列比對結果揭示該序列與毛果楊的推測抗病基因NBS-LRR家族蛋白相似性最高，因此推測該靶基因是NBS-LRR類抗病蛋白基因。
　　

9、采用qRT-PCR技術，檢測在葉銹菌侵入的不同時段，川楊葉片miRNA及其抗病相關靶基因的時間動態(tài)表達，結果表明miR482負調控靶基因的表達，在親和互作和非親和互作中存在差異。miR482a對靶基因的調控可能發(fā)生在侵染的后期(96 hpi～144 hpi)，引起川楊葉片對柵銹菌不同反應型的差異。
　　4.miR482過表達載體的構建及農桿菌介導的川楊遺傳轉化
　　從川楊基因組中克隆miR482a前體DNA片段，并將其連接到

10、植物表達載體pBI121，通過凍融法轉入根癌農桿菌GV3101，成功構建miR482a過表達載體，用于川楊遺傳轉化。組培苗愈傷組織誘導和生根培養(yǎng)基最適激素濃度組合分別為MS+6-BA1.0 mg/L+α-NAA0.2 mg/L和1/2MS+α-NAA0.02 mg/L。選擇川楊葉片作為外植體，在上述激素組合培養(yǎng)基中培養(yǎng)得到川楊組培苗，并移栽成功，為川楊的遺傳轉化提供材料。遺傳轉化過程中，誘導愈傷組織和生根選用的卡那霉素濃度分別為10 m