偽狂犬病毒與宿主3D基因組層面互作研究.pdf

1、染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)讓人們認識到，染色體在細胞核中的排布不是雜亂無章的，而是占據(jù)著細胞核的不同位置行使者自己的功能。各染色體間也存在著大量交互。許多實驗都表明，基因組3D結(jié)構(gòu)對細胞功能的正常發(fā)揮具有重要的作用。
　　偽狂犬病毒的核酸為線性雙鏈DNA，在進入細胞核后會迅速環(huán)化，進行滾環(huán)復(fù)制。人們對其與宿主間相互作用的研究越來越深入，但是沒有精細研究它們的DNA在三維空間的相互作用。我們猜想PRV在進入到細胞核后，會像宿主基因組的一部分

2、，在3D空間構(gòu)象上與宿主的基因進行著交互。從而調(diào)控宿主的細胞功能以利于自己的生存。
　　本文采用染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)，探索PRV的基因組和宿主的基因組之間的空間互作關(guān)系，得到如下結(jié)果:
　　1，通過對現(xiàn)有條件的摸索，我們將PRV感染的宿主細胞進行了基因組互作文庫的構(gòu)建。通過電泳檢查以及測序分析，發(fā)現(xiàn)所得到的文庫和我們預(yù)期的一致，可以進行下游的分析使用。
　　2，文庫構(gòu)建完成后，通過二代高通量測序以及生物信息學的分析，我們

3、發(fā)現(xiàn)PRV基因組和宿主的基因組存在著很強的交互作用，并且具有很強的實驗重復(fù)性。這就說明我們所得的結(jié)果不是由實驗的隨機誤差所造成的，而是實際情況就是如此，即存在基因組間的交互現(xiàn)象。
　　3，通過熒光定量PCR實驗，我們發(fā)現(xiàn)這種基因組間的互作具有一定的生物學意義。在同一位點附近的和病毒基因組互作的基因，它們的上調(diào)或是下調(diào)的步調(diào)一致。這也和目前3D基因組研究的理論較為一致，即在同一個區(qū)域的基因一般同時被抑制或是激活。
　　4，另外

4、我們也發(fā)現(xiàn)，在病毒核酸內(nèi)部也存在著一種空間結(jié)構(gòu)。病毒基因組上的片段與病毒其它位置的交互頻率是有差異的。有的位置和許多位置都存在較強的交互現(xiàn)象，說明此位置在病毒的3D基因組內(nèi)和其它位置都靠得比較近，可能發(fā)揮著重要的作用。
　　本研究揭示出病毒與宿主在3D基因組層面的相互作用，為人們進一步探索病毒和宿主相互作用打下一定的理論基礎(chǔ)。為以后病毒的防治提供一個新的角度，從阻斷病毒和宿主基因組間的相互作用來遏制病毒基因組整合，從而對潛伏的病毒