血清AFP陰性肝癌患者蛋白組學(xué)比較研究.pdf

1、前言： 肝癌(HCC)是世界上第五位發(fā)病的惡性腫瘤，每年新發(fā)的肝癌診斷超過(guò)1，000，000例。早期檢測(cè)是降低肝癌死亡率的關(guān)鍵步驟之一。在這些肝癌患者中，將近40％表現(xiàn)為AFP陰性。對(duì)于AFP陰性肝癌患者來(lái)說(shuō)，了解肝癌分子機(jī)制和發(fā)現(xiàn)新的肝癌相關(guān)的生物標(biāo)志物是迫切需要的。 實(shí)驗(yàn)過(guò)程： 本研究中，我們采用1DSDS—PAGE聯(lián)合LC—ESI—MS/MS的非標(biāo)記shotgun策略對(duì)AFP陰性HCC患者的肝癌和癌旁組織進(jìn)

2、行組織蛋白組學(xué)的分析；對(duì)癌和癌旁組織培養(yǎng)上清的分泌組學(xué)進(jìn)行分析；對(duì)肝癌和健康對(duì)照的血漿進(jìn)行血漿蛋白組學(xué)的分析。通過(guò)全方位的分析，全面了解AFP陰性肝癌的分子機(jī)制，并提供潛在的生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)源。 對(duì)于組織蛋白組學(xué)，我們通過(guò)1DSDS—PAGE聯(lián)合nano—UPLCESIMS/MS(Q—TOFprimier)，對(duì)9例AFP陰性肝癌患者的癌和癌旁組織進(jìn)行配對(duì)的組織蛋白組學(xué)研究，這個(gè)試驗(yàn)中使用的是PLGS2.3搜索引擎。 對(duì)于組

3、織分泌組學(xué)，我們通過(guò)癌和癌旁組織無(wú)血清培養(yǎng)，再應(yīng)用1DSDS—PAGE聯(lián)合MDLCESIMS/MS(LTQ—Orbitrap)對(duì)4例AFP陰性肝癌患者的癌和癌旁組織的培養(yǎng)上清的分泌組學(xué)進(jìn)行配對(duì)的組織分泌組學(xué)研究，這個(gè)試驗(yàn)中使用SEQUEST搜索引擎。 對(duì)于血漿蛋白組學(xué)，我們通過(guò)免疫吸附進(jìn)行豐度蛋白的分離，再應(yīng)用1DSDS-PAGE聯(lián)合nano-UPLCESIMS/MS(Q-TOFprimier)對(duì)3例AFP陰性肝癌患者及3例正常

4、健康對(duì)照的血漿進(jìn)行血漿蛋白組學(xué)研究。這個(gè)試驗(yàn)中使用X!TANDEM搜索引擎。 結(jié)果： 在組織蛋白組學(xué)部分，我們共鑒定到3908個(gè)蛋白，通過(guò)與癌旁比較，其中282個(gè)蛋白至少2倍上調(diào)表達(dá)，127個(gè)蛋白至少2倍下調(diào)表達(dá)。這種差異通過(guò)western驗(yàn)證是可信的。 在組織分泌組學(xué)部分，我們共鑒定到了1302個(gè)蛋白，通過(guò)與癌旁比較，其中176個(gè)在癌組織的培養(yǎng)上清中至少2倍上調(diào)表達(dá)，200個(gè)在癌組織的培養(yǎng)上清中至少2倍下調(diào)表達(dá)