幽門螺桿菌cagA基因3’端序列多態(tài)性及其臨床意義.pdf

1、第一部分不同胃十二指腸疾病患者幽門螺桿菌cagA基因3’端序列特征。 目的：比較不同胃十二指腸疾病患者臨床分離幽門螺桿菌(H.pylori)cagA基因3’端序列特征，探討其與臨床疾病的關(guān)系。 方法：從不同胃十二指腸疾病患者胃黏膜活檢組織中分離培養(yǎng)H.pylori 41株，其中慢性淺表性胃炎(CSG)13株、十二指腸潰瘍(DU)13株和胃癌(GC)15株，通過(guò)。PCR擴(kuò)增其cagA基因3’端DNA片段，用自動(dòng)測(cè)序儀(A

2、BI3730)進(jìn)行雙向測(cè)序，運(yùn)用EBI(European Bioinformatics Institute)的Transeq程序推測(cè)其相應(yīng)氨基酸序列，及Vector NTI advance 10軟件進(jìn)行多序列比對(duì)和相似性分析，比較其序列特征及與胃十二指腸疾病的相關(guān)性。 結(jié)果： (1)41株H.pylori菌株中36株(87.80％)cagA基因陽(yáng)性，其cagA陽(yáng)性率在DU、GC組均為100％，高于CSG組(61.5％，P<0.0

3、5)。(2)36條cagA基因3’端PCR擴(kuò)增產(chǎn)物大小為615～664bp，堿基、氨基酸序列中存在大量堿基、氨基酸的插入、缺失、替換和重復(fù)；堿基序列之間相同堿基百分比為19.7％，氨基酸序列之間相同氨基酸百分比為36.3％，其相似性較低。(3)根據(jù)cagA基因3’端氨基酸序列所含的與SHP-2結(jié)合序列不同，可將其分成兩種序列類型，即東亞型(25條，69.4％)和西方型(11條，30.6％)；兩者均含3個(gè)EPIYA(R1)模體，其后分別緊

4、跟3種氨基酸序列，分別命名為R2、R3、R4；東亞型和西方型分別具有不同的R3、R4序列。25條東亞型序列相同堿基、氨基酸百分比分別為30.7％與59.6％，11條西方型序列分別為38.6％與73.1％，均有較高的相似性。(4)不同胃十二指腸疾病患者cagA基因3’端堿基、氨基酸序列亦有較高的相似性，其中CSG組相同堿基及氨基酸百分比分別為70.7％、54％，DU組分別為30.8％、48.4％，GC組分別為22.3％、43.2％，各組間

5、相似性差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。東亞型cagA陽(yáng)性菌株在DU組(92.31％)和GC組(80％)的分布顯著高于CSG組(12.5％，P<0.05)。 結(jié)論： (1)H.pylori菌株cagA基因陽(yáng)性率高，cagA陽(yáng)性菌株與十二指腸潰瘍和胃癌關(guān)系密切。(2)cagA基因3’端堿基、氨基酸序列之間相似性較低，存在大量堿基、氨基酸的插入、缺失、替換和重復(fù)。(3)cagA基因3'端氨基酸序列可分為東亞型和西方型兩種類型，分別具

6、有不同的R3、R4氨基酸序列，兩型cagA基因3'端相似性均較高。(4)不同胃十二指腸疾病患者cagA基因3'端序列亦有較高相似性，東亞型cagA陽(yáng)性菌株與GC及DU關(guān)系更密切。 第二部分幽門螺桿菌cagA基因3'端序列多態(tài)性及其臨床意義。 目的：探討幽門螺桿菌(H.pylori)cagA基因3'端多態(tài)性及其與地域和臨床疾病的相關(guān)性。 方法：從NCBI網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)搜索到H.pylori cagA基因全序列95條，c

7、agA基因3'端堿基、氨基酸序列共387條，并從臨床分離41株(分別為CSG13株、DU13株和GC15株)H.pylori中檢測(cè)到cagA基因3'端序列36條；用Vector NTI advance 10軟件對(duì)臨床檢測(cè)的36條及已知疾病背景的256條網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)cagA基因3'端序列進(jìn)行多序列比對(duì)和相似性分析；用Clustal X(version 3.5)、Phylip(version 3.5)、Treeview(version 1.6

8、1)軟件對(duì)91條cagA全序列進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析；綜合分析cagA基因3'端序列多態(tài)性及其與地域、臨床疾病的相關(guān)性。 結(jié)果： (1)91條cagA基因全長(zhǎng)氨基酸序列之間相同氨基酸百分比為27％，相似性較低；其3'端序列之間差異明顯，存在大量氨基酸的插入、缺失、替換外和重復(fù)，而5'端序列相對(duì)保守。(2)cagA基因全長(zhǎng)序列系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果表明，東方、西方來(lái)源菌株聚類均較近。(3)292條已知疾病背景的cagA基因3’端氨基酸序列中含

9、有六種重復(fù)序列，分別命名為C1，C2，C3，C4，C5，C6；其中C3，C4，C6根據(jù)其氨基酸組成不同可分為兩種類型，即東亞型(Cn東)和西方型(Cn西)。其中239條(81.86％)cagA基因3’端氨基酸序列基本結(jié)構(gòu)為C1-C2-C1-C3,/C3西-C4東/C西-C5-C1-C6東/C6西；另53條(18.14％')cagA基因3'端氨基酸序列長(zhǎng)度較長(zhǎng)，具有不同的重復(fù)序列數(shù)目及組合方式，根據(jù)其重復(fù)序列數(shù)目及組合方式不同，可將其分為

10、10型，其中1、7、9、10型僅存在于西方來(lái)源菌株，2、3、5、8型僅存在于東方來(lái)源菌株，4、6型為東西方來(lái)源菌株共有。(4)＞4個(gè)EPIYA模體的菌株檢出率在萎縮性胃炎組(11.90％)與消化性潰瘍組(1.09％)比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)，且含有4個(gè)以上EPIYA模體的菌株87.5％是在萎縮性胃炎及胃癌中檢出。含多個(gè)EPIYA-C/D位點(diǎn)的菌株在胃癌患者中的檢出率(13.04％)顯著高于消化性潰瘍患者(4.35％，P<0.

11、05)。C4數(shù)目=3時(shí)，GC組(10.14％)與PU組(1.09％)比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)，其余重復(fù)序列數(shù)目在不同胃十二指腸疾病中無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。第6型菌株在胃癌患者中的檢出率(11.59％)顯著高于消化性潰瘍患者(2.17％，P<0.05)。 結(jié)論： (1)H.pylori菌株cagA基因3’端多態(tài)性明顯，其差異主要由重復(fù)序列的種類、數(shù)目和組合方式造成。(2)>4個(gè)EPIYA模體的CagA+H.py