人群特異標記對風(fēng)濕病關(guān)聯(lián)研究的影響以及在關(guān)聯(lián)研究人群分層分析中的應(yīng)用.pdf

1、目的:
　　 (1)探討人群特異標記是否混雜風(fēng)濕病(RA，AS，SLE)關(guān)聯(lián)研究結(jié)果。(2)探討中國漢族人群分層對全基因組關(guān)聯(lián)研究的影響。(3)探討人群特異標記在中國漢族RA和對照組以及不同地區(qū)之間差異。
　　 方法:
　　 (1)利用pubmed及手工檢索方式檢索類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡易感基因、人群特異標記以及長距離連鎖不平衡區(qū)域相關(guān)文獻，并提取相關(guān)的位點和人群特異標記及長距離連鎖不平衡區(qū)

2、域。(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和(http://www.scandb.org/newinterface/index.html)網(wǎng)站查詢相關(guān)易感基因及遺傳標記在染色體上位置，將類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎、強直性脊柱炎、系統(tǒng)性紅斑狼瘡易感基因和人群特異標記、長距離連鎖不平衡區(qū)域在染色體上的位置進行比較。(2)利用主成分分析的方法對1846例中國漢族無關(guān)個體基因分型結(jié)果進行分層分析，其中928例來自類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎病例組，

3、918例標本來源于健康對照組。按地區(qū)來源其中1445例來自上海，237例來自北京，97例來自四川，57例來自沈陽。(3)采用卡方檢驗比較人群特異標記等位基因頻率在病例組和對照組之間差異以及不同地區(qū)之間差異。
　　 結(jié)果:
　　 (1)通過文獻檢索出風(fēng)濕性疾病(RA、SLE、AS)100個位點左右，人群特異標記共1004個位點以及41個長范圍連鎖不平衡區(qū)域，并查詢相關(guān)染色體區(qū)域，進行比較，結(jié)果提示人群特異標記并未混雜風(fēng)濕性

4、疾病(RA，AS，SLE)關(guān)聯(lián)研究結(jié)果。(2)利用主成分分析方法對中國漢族人1846例無關(guān)個體SNPs分型數(shù)據(jù)進行分層分析結(jié)果：中國漢族人群病例組和對照組未見明顯分層現(xiàn)象。同時對人群分層的指標一基因組波動系數(shù)(λGC)進行計算(包括全部SNPs的基因組波動系數(shù)λGC為1.093)，提示中國漢族人群微弱人群分層對中國漢族GWAS影響不大。對本研究樣本以地區(qū)分層之后，并未發(fā)現(xiàn)明顯的分層現(xiàn)象。(3)通過卡方檢驗比較221個人群特異標記等位基因

5、頻率在病例組和對照組以及不同地區(qū)之間的差異，結(jié)果提示無顯著性差異。
　　 結(jié)論：
　　 (1)通過對風(fēng)濕性疾病(RA、SLE、AS)易感基因和人群特異標記以及可能導(dǎo)致關(guān)聯(lián)研究出現(xiàn)虛假相關(guān)的長距離連鎖不平衡區(qū)域相關(guān)染色體區(qū)域結(jié)果進行比較，發(fā)現(xiàn)人群特異標記以及長距離連鎖不平衡未混雜RA，AS，SLE關(guān)聯(lián)研究的結(jié)果。
　　 (2)中國漢族人群未觀察到明顯人群分層現(xiàn)象，對關(guān)聯(lián)研究及GWAS影響不大。
　　 (3)