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文檔簡介
1、目的:本研究的主要目的是通過建立具有組織特異性的大腸癌基因表達(dá)譜,從轉(zhuǎn)錄組整體水平尋找大腸腫瘤組織、腺瘤組織與正常組織之間的基因表達(dá)模式差異,發(fā)現(xiàn)用于預(yù)防和早期檢測的候選分子標(biāo)志物以及基因治療的可能靶點(diǎn)。 方法:利用包含47,000個(gè)轉(zhuǎn)錄本及變異體的AffymetrixU133plus2.0全基因組芯片篩選大腸癌組織、腺瘤組織與正常組織之間差異表達(dá)基因;運(yùn)用生物信息學(xué)手段對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能分類,以發(fā)現(xiàn)在大腸癌的發(fā)生中起重要作
2、用的基因。 結(jié)果:1、篩得大腸癌相關(guān)基因和ESTs2340個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的4.28%),其中:大腸癌組表達(dá)上調(diào)者609個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的1.12%);大腸癌組表達(dá)下調(diào)者1731個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的3.16%) 2、篩得早期大腸癌相關(guān)基因和ESTs726個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的1.32%),其中:大腸癌組與腺瘤組共同表達(dá)上調(diào)者133個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的0.24%);大腸癌組與腺瘤組共同表達(dá)下
3、調(diào)者593個(gè)(占基因和ESTs總數(shù)的1.08%) 3、對篩得之大腸癌相關(guān)基因和早期大腸癌相關(guān)基因進(jìn)行了功能分類,得到所參與基因的分子功能及生物學(xué)過程 大腸癌相關(guān)基因所參與的功能類別包括細(xì)胞生長和/或維持、對外刺激反應(yīng)、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、免疫應(yīng)答、蛋白質(zhì)代謝、堿基、核苷、核苷酸和核酸代謝等 早期大腸癌相關(guān)基因所參與的功能類別包括細(xì)胞生長和/或維持、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、蛋白質(zhì)代謝、對外刺激反應(yīng)、堿基、核苷、核苷酸和核酸代謝、生物合成等
4、 大腸癌相關(guān)基因和早期大腸癌相關(guān)基因中,參與細(xì)胞生長和/或維持功能的基因占參與分類基因的比例最大,為最大的一組功能基因 4、篩選出5個(gè)在腺瘤組織及腫瘤組織中都升高表達(dá)8倍以上的基因(CADPS,F(xiàn)ABP6,LCN2,CHRM3,CLDN2),其編碼產(chǎn)物為分泌性蛋白或膜表面蛋白,作為早期檢測的候選分子標(biāo)志物以及基因治療的可能靶點(diǎn) 結(jié)論:在大腸癌發(fā)生的早期階段就有多個(gè)基因表達(dá)的異常開啟(活化)或關(guān)閉(失活),通過所編
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