登革病毒檢測基因芯片的研制研究.pdf

1、登革病毒感染是一種蚊傳播疾病,主要流行于熱帶、亞熱帶地區(qū).在臨床上,登革病毒感染可引起登革熱、登革出血熱或登革休克綜合癥.近年來,登革熱、登革出血熱或登革休克綜合癥的發(fā)病率不斷升高,全球每年有大約0.8~1億登革熱和25~50萬登革出血熱或登革休克綜合癥患者.對登革病毒感染目前尚無有效的預防及治療措施,對患者進行早期診斷是監(jiān)控登革熱流行和控制疾病發(fā)展的有效措施.近年來國際上興起的一種新型基因檢測技術(shù)——基因芯片技術(shù),為登革病毒感染的早期

2、診斷提供了一種快速、高效、敏感、經(jīng)濟、自動化的方法,并可同時進行登革病毒基因的檢測和分型.寡核苷酸芯片的制備方法有原位合成法和合成點樣法兩種,原位合成法有嚴格的專利限制,故采用合成點樣法制備登革病毒寡核苷酸芯片.首先利用在線的BLAST檢索程序分別對4種型別登革病毒序列進行同源性分析,找出各型登革病毒的特異性序列區(qū)段,然后遵照探針設(shè)計的一般原則,采用生物學軟件Oligo6.0在特異性區(qū)段篩選長度為60bp的寡核苷酸探針,使各探針的GC含

3、量、Tm值、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等重要參數(shù)盡量趨于一致.考慮到樣品標記時,需行Sau 3AI酶切消化,因而我們在設(shè)計探針的過程中也進行了Sau 3AI切位點分析.最終我們設(shè)計了22條60-mer的登革病毒寡核苷酸探針.人工合成寡核苷酸探針,用PixSys 5500型基因芯片打印儀將探針打印、固定在多聚-L-賴氨酸包被的DAKO玻片上.應用RD-技術(shù)標記各型登革病毒樣品及人基因組DNA,然后分別與寡核苷酸芯片進行雜交,雜交結(jié)果顯示:人基因組DNA與芯