基于個體化治療的肺癌分子分型相關基因芯片的初步研究.pdf

1、目的：本項研究擬通過采用寡核苷酸芯片技術，初步篩選與肺癌分子分型相關基因，并對肺癌的基因分型診斷及肺鱗癌、肺腺癌內(nèi)亞型的存在進行有益的探討，為分子分型研究、實現(xiàn)個體化治療提供一定參考依據(jù)。 方法：(1)根據(jù)文獻報道及既往實驗結果，共篩選了與肺癌分型、分期、診斷相關的基因332個，從GeneBank中查出相應的基因序列，用NCBI提供的BLAST系統(tǒng)分析確定其特異性序列，利用生物學軟件進行探針設計，探針長度為60bp。隨后將寡核苷

2、酸探針點樣到經(jīng)氨基化處理的載玻片上，分成4個區(qū)，每個區(qū)為18×17矩陣； (2)分別提取95D細胞、7例肺腺癌組織、8例肺鱗癌組織的總RNA，以總RNA逆轉(zhuǎn)錄為cDNA，制作成有熒光標記的探針； (3)上述制備的雜交熒光探針與芯片進行雜交，獲得雜交結果；用 ScanarrayLite激光共聚焦掃描儀掃描芯片。所得圖象由Geneoix 5.1分析軟件，分析cy3和cy5兩種熒光信號的強度和比值，Cy5/Cy3相差兩倍以上，

3、Ratio(比率)值大于2.0或小于0.5基因有差異表達。并采用聚類方法分別對肺鱗癌和肺腺癌的基因表達譜進行相關性分析。 結果：(1)芯片雜交技術的可靠性：在芯片上共有332個oligo，分布在4個區(qū)域，為保證芯片雜交結果的可靠性，在每塊區(qū)域設有陰性對照5個基因，經(jīng)芯片雜交，這些雜交信號均很低，證實了數(shù)據(jù)的可靠性； (2)芯片可重復性：在基因連續(xù)橫向點3個點的情況下，CV(變異系數(shù))為10％；不同批次95D細胞與芯片雜交

4、之間的重復性為98.2％，說明Oligo芯片不僅雜交成功，而且具有較好的重復性； (3)7例肺腺癌組織的共有差異基因29個，與鱗癌組相區(qū)別的有7個如DCTN2、Stst2、BRCA2、TGFD等；8例肺鱗癌組織的共有差異基因46個，與腺癌組相區(qū)別的有24個，如KRT6A、HMGB2、lumican等； (4)7例腺癌組織中對332個基因表達的一致性在52-92％之間，8例腺癌組織中對332個基因表達的一致性在55-97％

5、之間； (5)1例鱗癌組織和其癌旁組織雜交，表達上調(diào)的基因有4條，表達下調(diào)的基因156條。1例腺癌組織和其癌旁組織雜交，表達上調(diào)的基因有23條，表達下調(diào)的基因147條。 結論：(1)基因芯片技術能夠快速高通量的篩選出與肺癌分子分型可能相關的基因； (2)初步篩選出肺腺癌特征性表達基因如DCTN2、Stst2、CENPM等，肺磷癌特征性表達基因如CCT6A、HMGB2、EEFlAl等，對肺癌組織進行分子分型，提供一

6、定線索，為臨床診斷提供更多信息； (3)肺腺癌組織和肺鱗癌組織對Bax、Myb、EGRl等22個基因都表達，存在有共同基因表達譜，說明兩種類型的腫瘤細胞間有相似的分子生物學行為； (4)在7例肺腺癌組織之間、8例肺鱗癌組織之間，也仍然存在表達差異較大的基因，可能預示肺腺癌、肺鱗癌內(nèi)存在不同的亞型； (5)通過對同一患者的癌組織和癌旁組織之間基因表達差異的研究，使我們得到了肺癌相關作用基因的線索，為肺癌的臨床分子診