TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系.pdf

1、TRIT1、MYCL1、MFSD2A是位于染色體1p34.2上的三個(gè)相鄰基因，本課題組前期研究和已有的文獻(xiàn)報(bào)道表明這三個(gè)基因中均存在著影響腫瘤發(fā)生發(fā)展的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)（SNPs），提示它們可能是腫瘤候選易感基因。
　　本課題采用以醫(yī)院為基礎(chǔ)的病例-對(duì)照研究方法。在福建漢族人群中，收集610例胃癌患者的癌旁正常胃粘膜組織和608例健康對(duì)照者的空腹外周靜脈血，試劑盒抽提組織和血液基因組DNA，測(cè)DNA質(zhì)量和濃度并稀釋分裝保存；選擇

2、TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因及其上下游20kb范圍內(nèi)的片段作為研究的目的片段（locus：40,286,708-40,455,638），登錄HapMap數(shù)據(jù)庫，下載保存中國(guó)北京漢族人在該目的片段內(nèi)的基因分型數(shù)據(jù)（數(shù)據(jù)來源：HapMap Data REL27/phase II+IIIon NCBI B36 assembly，dbSNPb126），導(dǎo)入Haploview軟件,按照r2>0.8,較小等位基因頻率MAF>0.05的標(biāo)

3、準(zhǔn)選擇標(biāo)簽SNP（tSNP）。最終共選擇19個(gè)tSNP，利用sequenom基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）技術(shù)進(jìn)行基因分型。結(jié)合研究人群的人口學(xué)資料和臨床病理資料，對(duì)分型數(shù)據(jù)進(jìn)行單位點(diǎn)、單倍型和位點(diǎn)互作分析并評(píng)價(jià)TRIT1、MYCL1、MFSD2A區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。
　　結(jié)果：
　?。ㄗⅲ簉s16826649嚴(yán)重偏離Hardy-Weinberg平衡，被剔除出后續(xù)的分析）。<

4、br>　　1．單位點(diǎn)分析
　　1.1 TRIT1基因區(qū)域
　　①攜帶SNP rs6600301 CA基因型的腸型胃癌患者發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)顯著增加（校正OR=1.718，95％CI=1.095-2.696，P=0.019）。
　　②SNP rs2172362 CT基因型顯著增加胃癌患者發(fā)生非賁門癌的風(fēng)險(xiǎn)（校正 OR=1.709，95%CI=1.157-2.525，P=0.007）。
　　③攜帶SNP rs230

5、310 CT基因型的患者發(fā)生非賁門癌的風(fēng)險(xiǎn)顯著增加（校正OR=1.670，95%CI=1.166-2.392，P=0.005），但發(fā)生淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)降低（校正OR=0.688，95%CI=0.481-0.985，P=0.041），在腸型胃癌中這種降低效應(yīng)更加明顯（校正OR=0.586，95%CI=0.399-0.932，P=0.022）。
　?、躍NP rs11581557 GG基因型對(duì)男性群體發(fā)生胃癌有保護(hù)作用（校正OR=0.

6、578，95%CI=0.371-0.901，P=0.016），而TG基因型則顯著增加胃癌患者的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=1.637，95%CI=1.127-2.377，P=0.01）。
　?、軸NP rs1999573、rs11576724、rs761164與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　1.2 MYCL1基因區(qū)域
　?、賁NP rs3134615（位于3’UTR）的等位基因頻率在病例組和對(duì)照組分布有顯著差異（0.0

7、25 vs0.047，P=0.0035）。
　?、赟NP rs3134613、rs7548524、rs3103780與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　1.3 MFSD2A基因區(qū)域
　?、?SNP rs4233508(位于啟動(dòng)子區(qū))CC基因型增加了胃癌患病風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=1.354，95%CI=1.038-1.766，P=0.026），在60歲以下人群中這種風(fēng)險(xiǎn)效應(yīng)更加顯著（校正OR=1.741，95%CI=1.196-

8、2.534，P=0.004），此外，CC基因型也增加了發(fā)生賁門部胃癌和中或高分化腸型胃癌的風(fēng)險(xiǎn)（校正 OR=1.511，95%CI=1.042-2.192，P=0.029；校正 OR=1.495，95%CI=1.081-2.067，P=0.015）；TC基因型則對(duì)60歲以下人群發(fā)生胃癌有保護(hù)作用（校正 OR=0.671，95%CI=0.492-0.914，P=0.011）。
　?、赟NP rs11207227TT基因型顯著增加60

9、歲以下人群患癌風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=1.637，95%CI=1.087-2.464，P=0.018）。
　?、蹟y帶SNP rs12083239 GC基因型患者更易于發(fā)生彌漫型胃癌（校正OR=1.738，95%CI=1.117-2.703，P=0.014）。
　?、躵s6676052、rs3103778、rs12072696、rs10889095與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　　2．單倍型分析
　　將對(duì)照組數(shù)據(jù)導(dǎo)入Hap

10、loview軟件，構(gòu)建了5個(gè)單倍域（block），采用PHASE軟件推算每個(gè)單倍域內(nèi)的單倍型以及二倍型頻率并進(jìn)行相關(guān)分析。
　?、貰lock2包含rs2172362，rs230310，rs11581557，rs761164，其中一單倍型“CCGT”顯著增加胃癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=1.913，95%CI=1.366-2.708，P=0.000），在腸型胃癌中這種效應(yīng)雖有所減弱，但依然存在（校正OR=1.535，95%CI=1.

11、070-2.193，P=0.024）。
　?、贐lock3包含rs3134613和rs7548524，其中一單倍型“TG”顯著降低罹患胃癌的風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=0.641，95%CI=0.446-0.923，P=0.017），在男性群體中這種保護(hù)效應(yīng)有所增強(qiáng)（校正OR=0.579，95%CI=0.374-0.895，P=0.014）。
　　③Block5包含rs11207227和rs12072696，其中一單倍型“CC”顯著增加

12、罹患賁門癌的風(fēng)險(xiǎn)（校正OR=1.65，95%CI=1.135-2.394，P=0.010）。
　　④Block1包含rs1999573，rs11576724，rs6600301，block4包含rs4233508，rs6676052，rs3103778，它們中的單倍型與胃癌發(fā)生發(fā)展未見陽性關(guān)聯(lián)。
　?、莞鱞lock二倍型未見與胃癌陽性相關(guān)。
　　3．位點(diǎn)互作分析
　　采用MDR數(shù)據(jù)挖掘方法發(fā)現(xiàn)，TRIT1與MYC

13、L1、MYCL1與MFSD2A存在互作關(guān)系。TRIT1及MYCL1之間由rs6600301、rs2172362、rs230310、rs11581557、rs3134615和rs3103780組成的六位點(diǎn)模型、MYCL1和MFSD2A之間由rs3134615、rs4233508、rs6676052，rs11207227和rs12072696組成的五位點(diǎn)模型，具有最小的預(yù)測(cè)誤差和最大的交叉驗(yàn)證一致性，是預(yù)測(cè)胃癌易感性的最佳互作模型。

14、　　結(jié)論：
　　1.TRIT1、MYCL1、MFSD2A區(qū)域單核苷酸多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。在TRIT1、MYCL1、MFSD2A基因區(qū)域發(fā)現(xiàn)了多個(gè)與胃癌陽性關(guān)聯(lián)的SNP和單倍型，尤其是TRIT1基因區(qū)域的一個(gè)單倍型“CCGT”能夠顯著增加胃癌患者淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的風(fēng)險(xiǎn)，MFSD2A基因區(qū)域的一個(gè)單倍型“CC”能夠顯著增加罹患賁門癌的風(fēng)險(xiǎn)。這兩個(gè)單倍型有望成為判斷胃癌易感性和評(píng)估患者預(yù)后的重要分子標(biāo)志物。TRIT1與MYCL1之間