江豚neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)snps篩選的方法學(xué)研究

1、南京師范大學(xué)碩士學(xué)位論文江豚Neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)SNPs篩選的方法學(xué)研究姓名：萬(wàn)慧榮申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：碩士專業(yè)：遺傳學(xué)指導(dǎo)教師：楊光20080401南京師范大學(xué)2008腐碩士學(xué)位論文中文摘要江豚Neophocaenaphocaenoides單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)SNPs篩選的方法學(xué)研究萬(wàn)慧榮南京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院，南京210046摘要本論文共包括四個(gè)都分：1)綜述了單核背酸多態(tài)性(singlenuc

2、leotidepolymorphisms，tSNPs)標(biāo)記及其在生態(tài)、進(jìn)化和種群生物學(xué)中的應(yīng)用。2)構(gòu)建江豚(Neophocaenaphocaenoides)的基因組霰彈槍法文庫(kù)(wholegenomeshotgunlibrary)，通過(guò)克隧測(cè)序獲得了83個(gè)序列。根據(jù)這些序列設(shè)詩(shī)了68黠零|物，其中63對(duì)能進(jìn)行成功的PCR擴(kuò)增。逶過(guò)63對(duì)琴|(zhì)物在24個(gè)江豚個(gè)體巾擴(kuò)增產(chǎn)物的變性高效液相色譜(denaturinghighperformanc

3、eliquidchromatography，DHPLC)分析，發(fā)現(xiàn)其中20對(duì)引物的擴(kuò)增產(chǎn)物呈現(xiàn)多態(tài)，并通過(guò)測(cè)序驗(yàn)證確定其中18個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物中含有SNPs。通過(guò)進(jìn)一步的篩選，共確定29個(gè)ShiPs，其中顛換7個(gè)，轉(zhuǎn)換21個(gè)，插入／缺失1個(gè)。盡管DHPLC分析時(shí)的假陽(yáng)性率力10％左右，餐構(gòu)建基因綴文本結(jié)合DHPLC盼方法仍可以用于非模式生物SNPs的大規(guī)摸篩選。3)選擇2個(gè)已知的江豚SNPs，將擴(kuò)增產(chǎn)物按基因頻率制備成050％的11個(gè)DNA池

4、(DNApooling)，分別用于直接測(cè)序和DHPLC分析，以探討兩種方法檢測(cè)SNPs時(shí)的效率及制備DNA池時(shí)對(duì)基因頻率的要求。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，當(dāng)?shù)任换虻念l率不少于125％時(shí)可在DHPLC分析時(shí)能予以明確螽鎏分辨，但當(dāng)用DNA池進(jìn)行直接測(cè)序?qū)t頻率翥要達(dá)捌20％。這提示，為保證DHPLC分析的準(zhǔn)確性，制備DNA池時(shí)等摩爾DNA混合的樣品數(shù)應(yīng)盡量不超過(guò)4個(gè)。DNA池結(jié)合DHPLC技術(shù)的高效性與準(zhǔn)確性可在大規(guī)模的SNPs位點(diǎn)篩選中發(fā)揮作用。霹)