預(yù)測(cè)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)及基于網(wǎng)絡(luò)的系統(tǒng)生物學(xué)分析.pdf

1、分子相互作用是所有細(xì)胞過(guò)程中必不可少的。對(duì)分子相互作用網(wǎng)絡(luò)的解讀不僅使我們了解基因和蛋白質(zhì)的功能，也為我們理解生物體內(nèi)更高層次的調(diào)控機(jī)制提供了突破口。在釀酒酵母、人類、果蠅、線蟲(chóng)和擬南芥中，全基因組酵母雙雜交篩選和大規(guī)模的親和純化/質(zhì)譜分析實(shí)驗(yàn)已經(jīng)被報(bào)道。基于此建立了一些蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)，如IntAct，BioGRID，BIND，TAIR等。然而，迄今為止還沒(méi)有實(shí)驗(yàn)?zāi)軐⒅参锖腿祟惖娜肯嗷プ饔媒M描繪清楚。擬南芥和人類實(shí)驗(yàn)報(bào)道的分子相

2、互作用組仍僅占所有可能的分子相互作用一小部分。
　　本研究經(jīng)過(guò)仔細(xì)地整合選擇訓(xùn)練測(cè)試集，整合側(cè)面證據(jù)，調(diào)整預(yù)測(cè)模型，預(yù)測(cè)整合得到了擬南芥分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和人類的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)。其中，擬南芥的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)包括4545條實(shí)驗(yàn)報(bào)道的相互作用和145494條預(yù)測(cè)的相互作用，共計(jì)149900條分子相互作用，預(yù)期可覆蓋24％的擬南芥所有可能的分子相互作用，并且準(zhǔn)確率達(dá)到了40％。人類的分子相互作用網(wǎng)絡(luò)包括155974條分子相互作用，其中

3、有69586條是實(shí)驗(yàn)報(bào)道的相互作用，90208條是預(yù)測(cè)的相互作用。人類分子相互作用網(wǎng)絡(luò)預(yù)期可覆蓋22％的人類所有可能的分子相互作用，準(zhǔn)確率達(dá)到了41％?；谌祟惡蛿M南芥分子相互作用網(wǎng)絡(luò)完成了一系列系統(tǒng)生物學(xué)分析，主要包括分析擬南芥AraCyc代謝生物途徑網(wǎng)絡(luò)，分析人類和擬南芥的G(O)生物途徑網(wǎng)絡(luò)，基于分子相互作用網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)人類和擬南芥基因功能，識(shí)別激素刺激下擬南芥表達(dá)變化不顯著的關(guān)鍵調(diào)控基因，解析他汀誘導(dǎo)多發(fā)骨髓瘤細(xì)胞選擇性凋亡的表達(dá)譜