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1、蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)是闡釋生物體生命活動(dòng)的重要途徑之一,酵母、果蠅、線蟲以及人類蛋白的大規(guī)模相互作用圖譜已相繼完成。水稻(Oryza sativa)是重要的農(nóng)作物,也是單子葉植物發(fā)育研究的模式生物。但是,現(xiàn)今水稻蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)仍然很少,預(yù)測(cè)和構(gòu)建水稻蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù)庫(kù)意義深遠(yuǎn)。
通過(guò)整合BioGrid、DIP、MINT、IntAct、CYGD、BIND和TAIR七個(gè)蛋白質(zhì)相互作用公共數(shù)據(jù)庫(kù)中酵母、線蟲、果蠅、大腸桿菌(K1
2、2菌株)、擬南芥這五種模式生物和人類的蛋白質(zhì)互作數(shù)據(jù),我們構(gòu)建了五種模式物種和人類至今為止比較完整的蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)集,包括48152個(gè)蛋白質(zhì),共533927條相互作用。并通過(guò)InParanoid提供的水稻與這六種生物的蛋白質(zhì)同源數(shù)據(jù),以同源映射的方法,預(yù)測(cè)了水稻蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),包含5049個(gè)水稻蛋白,共76585條無(wú)冗余的水稻蛋白質(zhì)相互作用。
使用Struts+Spring+iBATIS開源框架搭建了水稻蛋白質(zhì)相互
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