長非編碼RNA與生物大分子相互作用的數據庫構建和分析.pdf

1、長非編碼RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）是一類轉錄本長度大于200個核苷酸的RNA，它們有很小的或者無編碼蛋白質的能力。LncRNAs通過與DNA、RNA或蛋白質等不同分子發(fā)生相互作用在復雜生物過程中起重要作用。因此，獲取與lncRNA相互作用的分子是其功能性研究的首要步驟。近些年來，隨著分子生物技術的發(fā)展，越來越多的lncRNA和蛋白質等生物大分子的相互作用被發(fā)現。但是這些相互作用數據散落在不同的文

2、獻中，沒有被整合在一個數據庫中，不利于研究者使用這些數據。因此，本課題旨在建立一個lncRNA與生物大分子相互作用數據庫（Database of long non-coding RNA interaction，lncRInter），以及分析這些相互作用數據。
　　通過文獻搜索與人工收集，收集得到922條實驗驗證的lncNRA與其他分子的相互作用對。這些相互作用對來自16個物種和510篇文獻，其中包含276個lncRNAs。接下來，

3、把這些lncRNA相互作用根據分子類型分成了七類，分別為RNA–Protein、RNA–TF、RNA–RNA、RNA–DNA、DNA–Protein、DNA–TF和DNA–DNA，此外我們還根據相互作用模式的不同分成了兩個模式：結合和調節(jié)。在用戶友好型的網頁界面中，還對這些相互作用及其分子進行了基本信息的注釋，并提供了瀏覽、搜索和提交功能。數據分析揭示了大部分與lncRNAs發(fā)生相互作用的蛋白質是轉錄因子或染色體重塑因子。LncRNA相