基于病毒宿主蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行病毒分類.pdf

1、病毒(virus)是一種只能在宿主的活細(xì)胞中增殖的微生物。絕大多數(shù)病毒都是由一個核酸分子(DNA或RNA)與蛋白質(zhì)構(gòu)成的非細(xì)胞形態(tài)的營寄生生活的生命體。病毒的顆粒很小、結(jié)構(gòu)簡單、寄生性嚴(yán)格,是以復(fù)制進(jìn)行繁殖的一類非細(xì)胞型微生物,多數(shù)要用電子顯微鏡才能觀察到。病毒的結(jié)構(gòu)相對高等生物簡單,但是其分類卻十分復(fù)雜?，F(xiàn)在已經(jīng)有一些不同的分類系統(tǒng),如ICTV分類系統(tǒng)、巴爾的摩病毒分類系統(tǒng)、LHT病毒分類系統(tǒng)、Casiens與Kings分類系統(tǒng)等,對

2、病毒進(jìn)行分類從而進(jìn)一步揭示不同病毒之間的關(guān)系。但是由于病毒起源的復(fù)雜性以及病毒飛快地進(jìn)化速度,現(xiàn)有的病毒分類系統(tǒng)都有不同程度的缺陷,從而不能滿足病毒學(xué)家對于病毒進(jìn)行精細(xì)分類的要求。
　　 蛋白質(zhì)是生命體功能真正的執(zhí)行者,而蛋白質(zhì)之間的相互作用在大多數(shù)的生物學(xué)過程比如細(xì)胞代謝、轉(zhuǎn)錄、調(diào)控機制、信號傳導(dǎo)中發(fā)揮著重要作用。之前的研究表明,病毒和宿主之間存在著大規(guī)模的蛋白-蛋白相互作用現(xiàn)象。這些數(shù)據(jù)已經(jīng)被很多不同的科研工作者記錄了下來。

3、雖然很多病毒和宿主之間的蛋白-蛋白相互作用結(jié)果對于病毒在宿主中的生命周期以及繁殖的作用還不是十分清楚,但是這些數(shù)據(jù)的積累對于揭示不同病毒之間的關(guān)系還是有潛在的十分重要的作用。因此,本文從病毒宿主之間的蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)的角度出發(fā)提出了一套新的基于蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)的病毒分類方法來衡量不同的病毒之間的關(guān)系。本文總共收集了涉及114種病毒的9683對不同病毒的蛋白和人蛋白之間相互作用的數(shù)據(jù),之后依據(jù)蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)中和某種病毒