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1、目的：研究跨越SLC22A3-LPAL2-LPA基因的4個(gè)SNP位點(diǎn)在我國(guó)西南地區(qū)漢族人群中的基因型頻率、等位基因頻率及其組成的單倍型的分布特征,以求明確這些SNP位點(diǎn)及其組成的單倍型與CAD發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。
方法：⑴利用美國(guó)國(guó)家生物信息中心(NCBI)的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)獲得各基因相應(yīng)SNP位點(diǎn)的基本序列信息,利用Primer Premier5.0軟件設(shè)計(jì)引物序列,而后利用NCBI在線軟件Blast檢驗(yàn)所設(shè)計(jì)引物的擴(kuò)增特異性。
2、⑵利用PCR-SSCP及核苷酸測(cè)序技術(shù)檢測(cè)CAD組和對(duì)照組4個(gè)SNP位點(diǎn)的基因型構(gòu)成。⑶利用SPSS17.0統(tǒng)計(jì)軟件分析CAD組及對(duì)照組各個(gè)位點(diǎn)的基因型和等位基因構(gòu)成及其與CAD發(fā)生發(fā)展的關(guān)系;利用在線分析軟件SHEsis分析其組成的單倍型頻率及其與CAD發(fā)生發(fā)展的關(guān)系。
結(jié)果：①SLC22A3基因SNP rs2048327(A/G)位點(diǎn)檢測(cè)到兩種基因型,AA型和AG型,GG型未檢出;兩種檢出基因型在CAD組中的頻率分別為
3、60.6％、39.4%,在對(duì)照組中的頻率分別為77.7%、22.3%,組間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.001),CAD組和對(duì)照組中少見(jiàn)等位基因G的頻率分別為19.7%、11.1%,組間亦有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.002),經(jīng)Logistic回歸分析去除混雜因素的影響后組間差異依然有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p=0.029)。②LPAL2基因SNP rs3127599(A/G)位點(diǎn)檢測(cè)到兩種基因型,GG型和AG型,兩種基因型在CAD組中的頻率分別為84.9%、
4、15.1%,在對(duì)照組中的頻率分別為73.5%、26.5%,組間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.011),AA基因型未檢出;CAD組和對(duì)照組中少見(jiàn)等位基因A的頻率分別為7.6%、13.2%,組間亦有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.017),經(jīng)Logistic回歸分析去除混雜因素的影響后等位基因頻率組間差異依然有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p=0.016)。③LPA基因SNP rs7767084(C/T)位點(diǎn)檢測(cè)到CC、CT、TT3種基因型,這3種基因型在CAD組中的頻率分別
5、為4.2%、24.3%、71.5%,在對(duì)照組中的頻率分別為12.7%、36.1%、51.2%,組間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.000);CAD組和對(duì)照組中少見(jiàn)等位基因C的頻率分別為16.4%、30.7%,組間亦有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.000),經(jīng)Logistic回歸分析去除混雜因素的影響后等位基因頻率組間差異依然有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(p=0.000)。④LPA基因SNP rs10755578(C/G)位點(diǎn)檢測(cè)到GG和CG兩種基因型,CAD組中的頻率分
6、別為63.0%、37.0%,對(duì)照組中的頻率分別為74.7%、25.3%,組間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.022),CC型未檢出;CAD組和對(duì)照組中少見(jiàn)等位基因C的頻率分別為18.5%、12.7%,組間亦有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p=0.038),但經(jīng)Logistic回歸分析去除混雜因素的影響后該位點(diǎn)組間差異消失(p=0.077)。⑤SLC22A3基因SNP rs2048327(A/G)、LPAL2基因SNPrs3127599(A/G)、LPA基因SNP
7、 rs7767084(C/T)位點(diǎn)各基因型間的TC、TG、HDL、LDL均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P＞0.05)。⑥r(nóng)s2048327、rs3127599、rs7767084,3個(gè)位點(diǎn)構(gòu)成的單倍型(AGC、GGC、AGT、GGT)組間差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P＜0.05)。
結(jié)論：SLC22A3基因SNP rs2048327(A/G)、LPAL2基因SNP rs3127599(A/G)和LPA基因SNP rs7767084(C/T)位點(diǎn)可
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