先天性唇腭裂患者的拷貝數(shù)變異研究.pdf

1、目的:
　　1、探討全基因組高分辨率染色體微陣列技術(shù)(chromosome microarray analysis, CMA)在先天性唇腭裂（cleft lip and/or palate, CL/P）患者中的應(yīng)用價(jià)值。
　　2、探索拷貝數(shù)變異（copy number variant, CNV）與CL/P發(fā)病的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)新的可疑致病性CNVs及基因。
　　3、為先天性唇腭裂患者的臨床防治策略制定和開展遺傳咨詢提供科學(xué)依

2、據(jù)。
　　方法:
　　1、選擇2014年3月至2015年5月期間，在廣州市婦女兒童醫(yī)療中心口腔科確診的非綜合征性和綜合癥性唇腭裂患兒共40例，并且收集其父母外周血樣本。患兒的年齡在3個(gè)月到8歲之間，并且患兒母親在妊娠期間均未受到明顯致畸因素的影響。其中，綜合征性唇腭裂（SCL/P）患兒5名；非綜合癥性唇腭裂（NSCL/P）患兒35名，包含了8名唇裂患兒，14名腭裂患兒，13名唇腭裂患兒。
　　2、使用Qiagen DN

3、A提取試劑盒從患者外周血中提取gDNA，并使NanoDrop分光光度計(jì)測量gDNA的濃度和純度。
　　3、根據(jù)美國Affymetrix公司的CytoScanTM HD芯片平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)操作流程對樣本gDNA進(jìn)行CMA檢測。
　　4、使用配套的ChAS軟件對芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。
　　5、根據(jù)DGV、DECIPHER、OMIM及PUBMED等以及本實(shí)驗(yàn)室和同行的內(nèi)部數(shù)據(jù)庫對分析結(jié)果進(jìn)行在線比對，判斷 CNVs的性質(zhì)并進(jìn)行分析

4、。
　　結(jié)果:
　　1、全部40名患兒均成功進(jìn)行了高分辨率SNP array檢測，實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示7例患兒含有致病性CNVs，致病性CNVs檢出率為17.5％(7/40)；31名患兒檢測結(jié)果為良性CNVs，良性CVNs檢出率為77.5%（31/40）；2名患兒出現(xiàn)了臨床不明確CVNs（VOUS），VOUS檢出率為5.0%（2/40）。
　　2、7名檢出致病性CNVs的病例當(dāng)中，3名患兒為NSCL/P，致病性CNVs檢出率為

5、8.6%（3/35），均為單純性CP（21.4%，3/14）；4名患兒為SCL/P，致病性CNVs檢出率為80%（4/5）。致病性CNVs分別為22q11.21微缺失（7.774Mb）、15q14微缺失（3.830Mb）、10q22.2-q22.3微缺失（1.766Mb）、6q25.2-q25.3微缺失（5.376Mb）、18q21.32-q23缺失（21.196Mb）和15q22.2-q22.31微重復(fù)（2.646Mb）。
　　

6、3、31名患兒檢測結(jié)果為良性CNVs，檢出率為77.5%。其中，29名患兒的141個(gè)CNVs與在線數(shù)據(jù)庫中已知的良性微缺失/微重復(fù)片段重疊。在所有這些CNVs中，以下4種最常見（P≥5%）：14q11.2微缺失（9.2%）、22q11.22微重復(fù)（9.2%）、8p11.22微缺失/微重復(fù)（12.7%）、14q32.33微重復(fù)（19.1%）；另外2名患兒的CNVs遺傳自表型正常的母親，分別為10q21.2微缺失和Xq27.3微缺失。

7、>　　4、2名患兒出現(xiàn)了臨床不明確CNVs（VOUS），分別為16p11.2微重復(fù)（1.921Mb）和16p13.11微缺失（199.482kb）。
　　結(jié)論:
　　1.高分辨率染色體微陣列技術(shù)在先天性唇腭裂患者的產(chǎn)前診斷及遺傳分析中具有重要作用，尤其是常規(guī)染色體G顯帶核型分析正常者，CMA不僅能夠有效發(fā)現(xiàn)致病性拷貝數(shù)變異，并且具有發(fā)現(xiàn)新的候選致病基因的能力。
　　2.本研究中發(fā)現(xiàn)兩個(gè)首次出現(xiàn)的CNV，隨著越來越多的C

8、NVs被發(fā)現(xiàn)，將大大促進(jìn)對唇腭裂發(fā)病機(jī)制理解的不斷加深，從而指導(dǎo)臨床防治策略的制定和遺傳咨詢的開展。
　　3.單一唇腭裂畸形患者的致病性CNVs檢出率（8.6%）比先天性唇腭裂合并其它畸形的患者低（80%）。
　　4.為了盡量避免VOUS的出現(xiàn)，應(yīng)對患者臨床表型和家系資料的進(jìn)行詳細(xì)收集分析，及時(shí)更新并充分利用各種數(shù)據(jù)庫資料進(jìn)行比對和鑒別。
　　5.建議將染色體微陣列分析技術(shù)作為先天性唇腭裂患者臨床遺傳學(xué)檢測的一線方法。