應用基因芯片技術篩查皖北地區(qū)Budd-Chiari綜合征(BCS)易感基因的研究.pdf

1、目的：探索皖北地區(qū)BCS發(fā)病易感基因，為BCS病因學研究提供一定依據，并為該病的早診斷、早治療提供幫助。
　　方法：搜集蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院血管外科2013年8月至2014年3月住院治療的布加綜合征（BCS）患者32例作為實驗組，同期來自蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院體檢中心的同年齡、同性別的健康體檢者32例為對照組，抽取外周靜脈血，提取DNA，標本處理，采用Infinium? HD Assay基因芯片技術（包括DNA堿變性-基因組全擴

2、、斷裂-沉淀-重懸-雜交、洗滌-延伸-染色-掃描）和與之相配套的分析軟件Genomestudio，經過總RNA的制備、總RNA的處理純化和質量檢測、RNA標記、RNA的純化標記和質量控制、雜交、芯片沖洗、芯片掃描、提取數據、數據分析、獲得差異表達基因的靶基因預測。應用Plink全基因組關聯分析工具，對芯片數據進行數濾，剔除掉低質量的 individuals or SNPs；采用Fisher's exact test進行 case/con

3、trol關聯分析，利用 IPA查詢該基因是否與Budd-Chiari syndrome相關。驗證SNP的選擇標準：i) P<0.0001（10-4）；ii） MAF>0.05。
　　結果：32例患者血液樣本進行全基因組測序及關聯分析，篩選出共計26897個SNP位點突變，其中9個高頻率突變位點：ANGPT1（rs4472483、rs16876325）， COL4A1（ rs9515162、rs3783113、rs1981316、k

4、gp12393511、kgp11533359、kgp1789604、kgp740677），且均屬內含子序列。
　　結論：皖北地區(qū)BCS患者篩選出ANGPT1（rs4472483、rs16876325），COL4A1（ rs9515162、 rs3783113、 rs1981316、 kgp12393511、 kgp11533359、kgp1789604、kgp740677）9個堿基位點點突變。揭示皖北地區(qū)BCS發(fā)病可能與上述基因突