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1、利用PCR技術(shù)對(duì)分離自我國(guó)南海的細(xì)薄星芒海綿Stelletta tenusis,皺皮軟海綿Halichondria rugosa,貪婪掘海綿Dysidea avara和澳大利亞厚皮海綿Craniella australiensis 共附生的109株細(xì)菌基因組進(jìn)行了聚酮合酶(PKS)基因和非核糖體肽合成酶(NRPS)基因的篩選研究,同時(shí)對(duì)具有PKS、NRPS基因的細(xì)菌進(jìn)行抑菌活性研究。 獲得了16條690 bp的PKS基因片段,B
2、LAST比對(duì)結(jié)果表明該基因?qū)?yīng)的氨基酸序列和枯草芽孢桿菌I 型聚酮合成酶(PKS)的KS域的相似性達(dá)91%以上。通過系統(tǒng)發(fā)育分析推測(cè)16株活性菌的PKS基因?qū)儆趖rans-AT型。 同時(shí),克隆到15條1000 bp的NRPS基因片段,BLAST比對(duì)結(jié)果表明該基因?qū)?yīng)的氨基酸序列和NRPS的腺苷?;Y(jié)構(gòu)域(Adenylation,A) domain相似,大部分序列(10/15)的相似度在70%以下,具有較高的新穎性。通過16S r
3、DNA和A domain系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)合Blast結(jié)果發(fā)現(xiàn),15株菌中,在6株活性菌中存在未見報(bào)道的NRPS基因,7株菌中同時(shí)存在NRPS基因和PKS基因。 26株細(xì)菌的16S rDNA的測(cè)序結(jié)果經(jīng)過BLAST和系統(tǒng)發(fā)育樹分析,分組成3個(gè)類別:變形菌門(2/26),放線菌門(2/26)和厚壁菌門(22/26)。其中菌株DA20和菌株DA23最近似菌屬于放線菌,菌株A05和菌株A11的最近似菌為變形菌門的產(chǎn)堿菌,厚壁菌門組里的菌株
4、除緩慢葡萄球菌A75之外,大部分屬于芽孢桿菌。 26株含有PKS基因或NRPS基因的細(xì)菌顯示了廣譜的抑菌活性,抑菌范圍包括了真菌,革蘭氏陰性細(xì)菌和革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌。 研究證明:(1)中國(guó)南海四種海綿共附生微生物中存在PKS及NRPS基因簇,這兩種基因簇在這4種海綿共附生微生物中廣泛存在,并分布在多種類型的細(xì)菌中,包括了變形菌門,厚壁菌門以及放線菌。(2)海綿共附生微生物中芽孢桿菌屬富含NRPS或PKS基因簇。16S rDN
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