全基因外顯子測序技術(shù)探尋川崎病易感基因的研究.pdf

1、目的：對川崎病（Kawasaki disease，KD）病例進行全外顯子高通量測序（Whole Exome Sequencing，WES），在全外顯子范圍內(nèi)探尋川崎病新的易感基因位點，并進一步探討易感基因位點與并發(fā)冠狀動脈損害（Coronary artery lesion，CAL）的關(guān)系。
　　方法：選取蘇州大學(xué)附屬兒童醫(yī)院就診的再發(fā)KD患兒6例，作為對照的健康兒童6例，提取外周血DNA，進行全基因組外顯子高通量測序，通過數(shù)據(jù)統(tǒng)計

2、生物信息分析篩選出候選易感位點，對候選易感位點進行聚合酶連反應(yīng)（Polymerase chain reaction，PCR）擴增和直接測序來檢驗外顯子測序的準確性，并將測序正確的候選易感位點再在50例KD患兒和49例健康兒童的擴大樣本中分析，篩選出病例組和健康對照組中基因頻率有顯著差異的位點，即得到KD的目標(biāo)易感基因。在擴大樣本的50例KD中再分為19例冠脈損害組和31例無冠脈損害組（Non-Coronary artery lesion

3、，NCAL），分析KD的目標(biāo)易感基因位點在這兩亞組中的等位基因頻率是否存在顯著差異，以探索KD并發(fā)CAL的風(fēng)險等位基因。
　　結(jié)果：通過全外顯子測序和數(shù)據(jù)統(tǒng)計生物信息分析，篩選出 SPEF2、EYS、SLC15A1、PTPN21、HLA-A這5個基因中的12個SNP位點為KD的候選易感位點，檢驗這些候選易感位點外顯子測序準確性，并在擴大的KD病例和對照組中驗證分析，進一步證明了SLC15A1 SNPrs2274828為川崎病的目標(biāo)

4、易感基因位點。在擴大的KD病例組中，SLC15A1 SNPrs2274828位點的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于健康對照組（p＜0.05），在CAL組SLC15A1 SNPrs2274828位點的基因型CT和等位基因T分布頻率顯著高于NCAL組（p＜0.05）。
　　結(jié)論：⑴利用全基因外顯子測序的方法，對再發(fā)KD和健康對照進行全外顯子捕獲和測序，通過對比分析發(fā)現(xiàn)SLC15A1可能為KD的易感基因。⑵SLC15A1 SNPr