全外顯子組測序技術尋找馬爾尼菲青霉病的易感基因.pdf

1、目的：通過外顯子組測序技術（whole exome sequencing，WES）從基因水平尋找導致馬爾尼菲青霉病(Penicilliosis marneffei，PSM)易感的基因位點，從患者基因水平探討PSM發(fā)病機制。同時，探討γ干擾素抗體（Anti-interferon-gamma autoantibody）與不合并HIV感染的PSM的相關性。
　　方法：收集2013年至2016年期間于廣西醫(yī)科大學第一附屬醫(yī)院確診PSM的3

2、例患兒及其父母、60例不合并HIV感染的PSM患者、62健康志愿者，收集其外周靜脈血及病史資料。對3例患兒及其父母的基因組DNA提取、純化，進行全外顯子組測序，通過與人類基因組DNA數(shù)據(jù)庫比對，篩選出SNP（Single nucleotide polymorphism）及Indel（Insertion-deletion）突變位點。通過生物信息學方法在患兒家系內及家系間進行篩選，得到候選基因，與NCBI數(shù)據(jù)庫對比后得到可能導致年幼患兒對P

3、SM的易感基因。采用人γ干擾素抗體檢測試劑盒，對不合并HIV感染的PSM患者及健康志愿者檢測血清γ干擾素抗體，探討成人患者對PSM易感的可能原因。
　　結果：外顯子組測序平均測序深度為111.66×，質量控制指標均大于90％，測序錯誤率小于1%，得到72682個SNP位點和6505個Indel位點，通過與已知數(shù)據(jù)庫分析比對、生物信息學分析、手動篩選后得到DOCK8基因突變可能對年幼起病的PSM患兒易感PSM起重要作用。不合并HIV