SNP全基因組芯片檢測在骨髓增生異常綜合癥診治中的價值.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、研究目的:
  1.利用 SNP全基因組芯片( SNP-array)對骨髓增生異常綜合癥(myelodysplastic syndromes,MDS)患者進行全基因組范圍DNA拷貝數(shù)的變異(Copy number variation, CNV)和單親二倍體(uniparental disomy,UPD)的檢測,發(fā)現(xiàn)MDS患者的CNV及UPD的特點及這些異常所屬的染色體部位,明確基因芯片檢測到的異常與 MDS臨床之間的關系,并將其與

2、再生障礙性貧血(aplastic anemia,AA)、免疫相關性血細胞減少(immunorelated pancgtopenia,IRP)及急性髓細胞白血?。ˋcute myeloid leukemia,AML)進行對比,進一步明確基因芯片檢測在MDS患者診斷方面的特異性以及敏感性,從而提升MDS的診斷水平。
  2.對于 SNP全基因組芯片檢測存在異常的 MDS患者,進一步追蹤觀察其治療效果,并與芯片檢測正常的患者進行比較,證

3、明利用 SNP全基因組芯片檢測染色體的異常在MDS患者預后當中的應用價值。
  研究方法:
  1.采集2013年4月至2016年3月于天津市第一中心醫(yī)院的血液科進行就診的128例患者的骨髓,其中MDS患者58例,依修訂的國際預后積分系統(tǒng)對患者進行分組[1],分為高危組患者29例,低危組患者29例;急性髓細胞白血?。ˋML)43例;再生障礙性貧血(AA)13例;免疫相關性血細胞減少(IRP)14例。收集所有患者全基因組DNA

4、,應用Affymetrix公司的Cytoscan750K SNP芯片進行檢測。
  2.Cytoscan750K芯片的檢測結(jié)果使用GCS3000DXV系統(tǒng)進行分析,得到患者的全基因組DNA拷貝數(shù)的異常,包括擴增(gain)和缺失(deletion),同時檢測UPD。
  3.總結(jié)MDS患者染色體CNV及UPD的特點,并與AA、IRP及AML患者的異常進行對比,同時將芯片檢測存在異常的患者與正?;颊哌M行比較,觀察其在治療轉(zhuǎn)歸及

5、預后方面有無差異。
  研究結(jié)果:
  1、AA及IRP組SNP全基因組芯片檢測顯示染色體無異常改變,而低危組MDS、高危組MDS異常檢出率分別為45%、52%,AML的異常檢出率最高,結(jié)果為56%,但三者進行比較無統(tǒng)計學差異。
  2、在58例MDS患者的檢測結(jié)果中,拷貝數(shù)擴增最多,共有102處,其次是UPD共有95處,而缺失有76處,分組比較的結(jié)果顯示:在低危組和高危組兩組患者中,擴增和缺失的發(fā)生率無統(tǒng)計學差異,而

6、 UPD的異常在高危 MDS患者更常見(P<0.05)。
  3、MDS患者染色體異常的分布情況顯示,擴增常見于1、8、14號,缺失常見于5、7、17、18號染色體,而UPD的分布不具有重現(xiàn)性。同時檢測到具有重現(xiàn)性異常的意義不明的CNV:擴增常見于17號,缺失常見于2、6、7、19號染色體,UPD常見于2、3、11、14、19及X染色體,特別是在X染色體上見有大量意義不明的UPD分布。
  4、在58例MDS患者中, SNP

7、全基因組芯片與常規(guī)的G顯帶染色體核型檢測相比較能夠提供更多更全面的遺傳學信息。在 MDS患者中應用常規(guī)顯帶技術進行染色體核型分析,低危和高?;颊邫z出核型異常的比例分別為17%和21%,與SNP全基因組芯片相結(jié)合,異常檢出率分別提高至45%和52%。SNP芯片與核型分析相結(jié)合,58例患者中有28例(48%)檢測到異常,而單純應用核型分析僅有11例(19%)患者檢測異常,二者比較差異有統(tǒng)計學意義(P<0.01)。而AML組患者亦是如此(P<

8、0.01)。
  5、在28例常規(guī)染色體核型分析正常的患者中,有6例患者應用SNP基因芯片檢出有意義的染色體異常,均為接受標準治療方案進行治療,此6例患者的治療效果均不佳。
  研究結(jié)論:
  1、Cytoscan750K SNP芯片可以用于檢測MDS患者分子遺傳學的異常,用于在全基因組范圍內(nèi)檢測染色體的擴增、缺失及UPD,為MDS詳細精準診斷提供幫助。
  2、不同預后分組的MDS患者SNP全基因組芯片陽性率有

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