大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建和集成網(wǎng)絡(luò)分析.pdf

1、作為原核常用模式菌,大腸桿菌常被作為基因工程的對(duì)象加以利用。生物工作者經(jīng)常對(duì)大腸桿菌進(jìn)行基因改造和發(fā)酵培養(yǎng),用來提高某一目標(biāo)產(chǎn)物的產(chǎn)量,如各種氨基酸。隨著后基因組時(shí)代和系統(tǒng)生物學(xué)的到來,基因工程也開始與系統(tǒng)生物學(xué)結(jié)合,促進(jìn)了大腸桿菌基因改造的進(jìn)一步發(fā)展。因此,關(guān)于大腸桿菌基因改造提高某一目標(biāo)產(chǎn)物產(chǎn)量的文獻(xiàn)和專利日益增多,信息繁蕪復(fù)雜,對(duì)于生物工作者查詢信息比較困難。隨著生物信息學(xué)的發(fā)展,許多生物數(shù)據(jù)庫也建立起來,如KEGG、EcoCyc

2、等?；谶@些數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建理念,我們希望構(gòu)建一個(gè)大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫來方便生物工作者進(jìn)行大腸桿菌基因改造的研究。
　　本研究旨在構(gòu)建一個(gè)圖表結(jié)合的大腸桿菌基因改造數(shù)據(jù)庫(EcoGMD:E.coliGeneModificationDatabase,http://www.ibiodesign.net/ecogmd),該數(shù)據(jù)庫以被改造基因和目標(biāo)產(chǎn)物為核心,包括了文獻(xiàn)和專利中的大腸桿菌基因改造信息,并以目標(biāo)產(chǎn)物分類,繪制了相應(yīng)的基因改造和

3、代謝途徑關(guān)系圖,包含了基因調(diào)控和代謝途徑信息。該數(shù)據(jù)庫主要包括了大腸桿菌的菌株名、基因號(hào)、改造方法、結(jié)果、目標(biāo)產(chǎn)物、產(chǎn)物得率、文獻(xiàn)來源和發(fā)表年份。目標(biāo)產(chǎn)物主要以氨基酸為主,尤其是蘇氨酸、賴氨酸等,另外還包括了其他目標(biāo)產(chǎn)物,如乙醇、脂肪酸,乳酸等。其中基因改造方法主要包括了基因的刪除、修飾、過表達(dá),以及其他細(xì)菌基因的引入(如pycgenefromRhizobiumetli)等。目前已經(jīng)搜集了數(shù)百篇文獻(xiàn)和專利,整理了針對(duì)60余種目標(biāo)產(chǎn)物的大