大鼠肝再生中肝細(xì)胞的DNA裸露與基因轉(zhuǎn)錄的相關(guān)性和作用研究.pdf

1、基因在轉(zhuǎn)錄前首先需要DNA的裸露。大鼠肝再生涉及許多基因的轉(zhuǎn)錄，了解DNA裸露位點(diǎn)與大鼠肝再生中基因轉(zhuǎn)錄的相關(guān)性非常必要。為此，本文對(duì)大鼠肝再生中DNA裸露與基因轉(zhuǎn)錄的相關(guān)性作初步探索。
　　本文在研究基因組調(diào)控序列的常用方法染色質(zhì)免疫沉淀-高通量測(cè)序基礎(chǔ)上，建立以下技術(shù)路線:分離大鼠肝再生中的再生肝的肝細(xì)胞，用福爾馬林固定肝細(xì)胞的染色質(zhì)，超聲將DNA打斷為數(shù)百bp的小片段，酚氯仿抽提和分離裸露的和非裸露的DNA片段，收集水相中裸

2、露的DNA片段，高通量測(cè)序裸露DNA片段等，獲得裸露DNA序列資料。同時(shí)，用Rat Genome 230 2.0基因芯片檢測(cè)相應(yīng)大鼠再生肝的基因表達(dá)變化。最后，將大鼠肝再生中裸露DNA的測(cè)序結(jié)果和基因表達(dá)變化結(jié)果進(jìn)行比較，分析兩者的相關(guān)性。
　　裸露DNA測(cè)序分析結(jié)果表明，一個(gè)肝細(xì)胞中的平均裸露DNA豐度在大鼠肝再生中發(fā)生明顯變化，且裸露DNA涉及了大鼠基因組的結(jié)構(gòu)基因區(qū)和非結(jié)構(gòu)基因區(qū)兩部分。其中，結(jié)構(gòu)基因區(qū)的裸露DNA涉及了大鼠

3、基因組的16912個(gè)基因，在Ratio大于等于3或小于等于1/3為有效的原則下，有1701個(gè)基因在染色質(zhì)結(jié)構(gòu)上產(chǎn)生了有意義的DNA裸露變化，它們?cè)诖笫蟾卧偕袇⑴c的主要的生理活動(dòng)為應(yīng)激反應(yīng)、信號(hào)傳導(dǎo)、細(xì)胞通訊、細(xì)胞發(fā)育、核酸代謝、器官發(fā)育、蛋白代謝、細(xì)胞分化和細(xì)胞增殖。
　　基因表達(dá)譜芯片檢測(cè)結(jié)果表明，在大鼠肝再生中，共檢測(cè)13920個(gè)基因發(fā)生了表達(dá)。在Ratio大于等于3或小于等于1/3為有效的原則下，共有4654個(gè)基因在其中的