構建Alport綜合征患者iPSCs差異性表達microRNA，proteome，transcriptome的關聯(lián)調(diào)控網(wǎng)絡.pdf

1、目的：構建來源于Alport綜合征（Alport syndrome，AS）的多能誘導干細胞（induced pluripotent stem cells，iPSCs）差異性表達的微小核糖核苷酸（microRNA），蛋白組（proteome）,轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）的關聯(lián)分析圖。尋找特異性的microRNA，proteome，transcriptome,并且從關聯(lián)分析圖中發(fā)現(xiàn)microRNA，proteme，transcri

2、ptome主要的關聯(lián)位點。
　　方法：我們首先發(fā)現(xiàn)了一個呈X連鎖遺傳的AS的家系，從這個家系中選取3名AS患者與3名健康者（Normal control，NC）作為實驗參與者。在前期工作中，我們成功的從實驗參與者的尿液中的尿腎狀桿細胞誘導成iPSCs。提取iPSCs的總RNA，transcriptome，proteome。然后運用高通量測序方法（high through-put sequence）獲得microNRA，通過對mic

3、roRNA進行純化，分類，長度計算，堿基突變等分析后，進一步對microRNA進行差異性表達的分析，找出具有意義的差異性表達microNRA。同理，運用同樣的方法獲得transcriptome，并對transcriptome進行差異性表達的分析，找出具有意義的差異性表達transcriptome。運用同位素標記相對和絕對定量技術（Isobaric Tags For Relative And Absolute Quantitation，I

4、TRAQ）獲得proteome，并對proteome進行差異性表達分析，找出具有差異性表達proteome。接著運用KEGGSOAP(http://www.bioconductor.org/packages/2.4/bioc/html/KEGGSOAP.html)對差異性表達的microRNA與 transcriptome進行關聯(lián)分析，運用軟件 PicTar2005(http://pictar.mdc-berlin.de/cgi-bin

5、/PicTar_vertebrate.cgi),miRanda（http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/),與 TargetScan5.1(http://www.targetscan.org/)構建關聯(lián)分析圖。同理用同樣分方法進行microRNA與proteome關聯(lián)分析，構建關聯(lián)分析圖譜。最后把差異性表達的microRNA，transcriptome與p

6、roteome三者綜合起來，全面進行關聯(lián)分析，構建三者之間的關聯(lián)分析圖。
　　結果：在蛋白水平上，我們發(fā)現(xiàn)899個差異性表達proteomes；在 RNA水平上，我們發(fā)現(xiàn)830個差異性表達的microRNAs；在轉(zhuǎn)錄組水平，我們發(fā)現(xiàn)1168個差異性表達的transcriptomes。關聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)156個差異性表達的microNRAs與382個差異性表達的transcriptomes有密切關聯(lián)；26個差異性表達的microRNAs與

7、25個proteomes密切相關；189個差異性表達的proteomes與237個差異性表達transcriptomes密切相關。在microRNA與transcriptome關聯(lián)分析中，最具有特異性的microRNA是hsa-mir-4775，與27個transcriptomes相連，最具有特異性的transcriptome是RNF128與RGPD8，與10個microRNAs相連；在microRNAs與 proteomes關聯(lián)分析中

8、，最具有特異性的microRNA是 hsa-miR-6760-5p與hsa-miR-4775，與3個proteomes相連；在proteome與transcriptome關聯(lián)分析中，最具有特異性的proteome是ELAVL1，與41 transcriptomes和67 proteomes相連,最具有特異性的transcriptome是EGFR,與19個proteomes和15個transcriptomes相連；在microRNA，tr

9、anscriptome與proteome關聯(lián)分析中，最具有特異性的microRNA是 hsa-mir-4775，與30個transcriptomes與proteomes相連。
　　結論：AS與NC的microRNA，transcriptome與proteome存在差異性表達，對差異性表達的microRNA，transcriptome與proteome進行關聯(lián)分析，構建網(wǎng)絡圖發(fā)現(xiàn)AS在microRNA，transcriptome與p