基于第二代高通量測序技術(shù)中國大腸癌病例大腸癌相關(guān)基因單核苷酸多態(tài)性分析.pdf

1、第二代高通量測序技術(shù)近年來已廣泛地應(yīng)用于大規(guī)模、快速、高效檢測與癌癥相關(guān)的基因突變。大腸癌是臨床上常見的消化道惡性腫瘤。研究發(fā)現(xiàn)，Wnt信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑中的組成成員與其上游調(diào)控基因、下游靶基因都與大腸癌相關(guān)。因此，本研究應(yīng)用NimbleGen序列捕獲技術(shù)結(jié)合第二代測序技術(shù)以及后續(xù)的生物信息學(xué)分析，對(duì)大腸癌相關(guān)的31個(gè)基因以及上、下游區(qū)域進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性分析。
　　 首先，我們應(yīng)用NimbleGen序列捕獲芯片對(duì)30例中國大腸癌病人

2、的癌癥及癌旁組織的31個(gè)大腸癌相關(guān)基因序列及其上、下游基因區(qū)域進(jìn)行捕獲，然后使用Solexa測序儀器進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域測序，并對(duì)得到的短序列數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)SNP位點(diǎn)檢測的生物信息學(xué)分析。分析結(jié)果表明，我們總共檢測到2416個(gè)SNP位點(diǎn)，其中748個(gè)為新的變異位點(diǎn)。在這些突變位點(diǎn)中，我們發(fā)現(xiàn)14個(gè)為非同義突變，30個(gè)同義突變與76個(gè)發(fā)生在UTR區(qū)域的突變。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)，在14個(gè)非同義突變中，發(fā)生在基因MSX2上的突變A197T與發(fā)生在TRIM2

3、8上的突變C209F可能與癌癥相關(guān);新同義突變chr13:114288328CT是一個(gè)終止突變，可能會(huì)導(dǎo)致TFDP1基因轉(zhuǎn)錄的提前終止;UTR區(qū)域的SNPrs111773256被預(yù)測位于STK11基因與miR-326/330/330-5p的結(jié)合位點(diǎn)上。在隨后的SNP大樣本分型驗(yàn)證中，12個(gè)SNP位點(diǎn)有9個(gè)通過了質(zhì)量控制。接著我們應(yīng)用顯性遺傳模型計(jì)算方法對(duì)這9個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行生存分析，發(fā)現(xiàn)其中rs3106189與rs1052918用顯性遺傳模型