Pannonibacter phragmitetus 31801的基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析.pdf

1、學(xué)校代碼:10385分類號(hào):研究生學(xué)號(hào):1400216018密級(jí):Pannonibacterphragmitetus31801的基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析的基因組測(cè)序和生物信息學(xué)分析Pannonibacterphragmitetus31801genomicsequencingbioinfmaticsanalysis作者姓名：周亞軍周亞軍指導(dǎo)教師：王明席王明席合作教師：學(xué)科：微生物學(xué)生物學(xué)研究方向：生物信息學(xué)生物信息學(xué)所在學(xué)院：生物醫(yī)學(xué)學(xué)

2、院生物醫(yī)學(xué)學(xué)院論文提交日期：二零一柒二零一柒年五月二十一二十一日摘要I摘要摘要Pannonibacterphragmitetus是一種兼性需氧、非發(fā)酵糖類的革蘭氏陰性桿菌。目前有關(guān)P.phragmitetus的研究集中于重金屬解毒。P.phragmitetus是機(jī)會(huì)性感染病原體，盡管僅有4例報(bào)道，其未發(fā)現(xiàn)的感染數(shù)目可能很大。該菌是多耐藥菌，其耐藥機(jī)制、致病機(jī)制、重金屬代謝機(jī)制未曾報(bào)道。針對(duì)這些疑問(wèn)，本論文對(duì)一株來(lái)源于肝膿腫病人的細(xì)菌P.

3、phragmitetus31801，進(jìn)行了抗生素耐藥性測(cè)試（AST）和基因組測(cè)序。AST顯示對(duì)氨基糖苷類、氟喹諾酮類、四環(huán)素類、硝基呋喃類抗生素耐藥，可以指導(dǎo)對(duì)該菌感染治療。P.phragmitetus31801全基因組測(cè)序使用PacBioRSII平臺(tái)，獲得P.phragmitetus31801基因組由一個(gè)完整的染色體和一個(gè)閉環(huán)質(zhì)粒（p.p1）組成。運(yùn)用基因組平均核苷酸一致性(ANI)的分析方法將P.phragmitetus31801細(xì)

4、菌明確歸類到P.phragmitetus種。在前噬菌體、基因島、比較基因組方面，使用CRISPRFinder、PHAST、IslViewer、Mauve等軟件，發(fā)現(xiàn)P.phragmitetus31801基因組上共有5個(gè)CRISPR、3個(gè)前噬菌體和21個(gè)基因島，并推測(cè)P.phragmitetus31801的前噬菌體A可能由環(huán)境菌株水平轉(zhuǎn)移來(lái)。利用ARDB、CARD、RAST、VFDB和等多功能數(shù)據(jù)庫(kù)在該基因組發(fā)現(xiàn)了大量與耐藥機(jī)制、致病機(jī)制

5、、重金屬代謝機(jī)制等相關(guān)的基因。在耐藥基因方面，發(fā)現(xiàn)了β內(nèi)酰胺類、喹諾酮類、磷霉素等抗生素相關(guān)的耐藥基因，從基因組水平上部分解釋了該菌對(duì)β內(nèi)酰胺類、喹諾酮類和磺胺類抗生素藥物耐藥的機(jī)制。在致病機(jī)制方面，發(fā)現(xiàn)P.phragmitetus31801致病性是由于其含有編碼毒力因子、鞭毛、分泌系統(tǒng)等基因。在重金屬代謝方面，發(fā)現(xiàn)其具有代謝鉻、汞、鎘等重金屬元素的基因，可以解釋該菌在重金屬代謝的潛力。以上的研究初步提示了P.phragmitetus3