乙型肝炎病毒基因突變檢測與分析平臺(tái)研發(fā).pdf

1、乙型肝炎是由乙型肝炎病毒(HBV)感染引起的一種嚴(yán)重危害全球人類健康的傳染性疾病,引起多器官損壞,可能導(dǎo)致肝硬化、肝癌等慢性疾病的發(fā)生。研究發(fā)現(xiàn),HBV基因組具有多基因型和高度突變性,基因突變與 HBV病毒的耐藥性和其導(dǎo)致的慢性疾病的發(fā)生有著密切聯(lián)系,因此,對病患的HBV基因組進(jìn)行基因分型和基因突變分析,進(jìn)而闡述HBV基因組中突變類型的信息實(shí)質(zhì),破譯基因組不同位點(diǎn)與耐藥性和其他肝臟疾病的相關(guān)性是進(jìn)行相關(guān)疾病個(gè)體化診斷和個(gè)體化治療的基本前

2、提。然而,我國目前還缺乏針對HBV病毒基因組的方便實(shí)用的計(jì)算機(jī)軟件及其分析系統(tǒng),國際上已有的序列比對算法對HBV基因序列分析的準(zhǔn)確性和效率不高;采用非計(jì)算機(jī)技術(shù)來進(jìn)行基因突變比對和基因型分析工作效率極低;國外相關(guān)系統(tǒng)不僅復(fù)雜,且許多標(biāo)準(zhǔn)參考序列并不與中國人群基因組完全相符,從而會(huì)對基因序列的準(zhǔn)確分析產(chǎn)生較大影響。因此,本課題著眼于開發(fā)適用于我國境內(nèi)乙型肝炎病毒基因分型、基因突變與病毒感染性疾病相關(guān)的軟件分析平臺(tái),為相關(guān)疾病的個(gè)體化治療提

3、供支持。
　　根據(jù)以上目的,本課題開發(fā)的HBV Drug Guide系統(tǒng)是在分子生物學(xué)的有關(guān)原理提供理論基礎(chǔ)和生物信息學(xué)的迅猛發(fā)展提供技術(shù)途徑的背景下,以NCBI數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ),結(jié)合Clustal算法和Blast算法,采用分類比對的思想等,針對乙肝病毒P基因和BCP-PreC/C基因突變進(jìn)行分析和指導(dǎo)個(gè)體化治療的分析系統(tǒng),支持離線使用,能夠?qū)崿F(xiàn)一次性準(zhǔn)確判定HBV基因突變情況,完成耐藥性判斷、HBV突變與肝臟功能、肝癌進(jìn)程分析。

4、r>　　實(shí)驗(yàn)一:乙肝個(gè)體化治療分析系統(tǒng)(HBV drug guide)設(shè)計(jì)
　　結(jié)合分子生物學(xué)和生物信息學(xué)理論與技術(shù),通過生物信息學(xué)分析方法,我們分析了HBV drug guide系統(tǒng)開發(fā)的可行性、創(chuàng)新性以及所需要的生物信息學(xué)理論與技術(shù)。
　　實(shí)驗(yàn)二:乙肝個(gè)體化治療分析系統(tǒng)(HBV drug guide)開發(fā)
　　在實(shí)驗(yàn)一的研究基礎(chǔ)上,首先分析了HBV Drug Guide的總體目標(biāo)及各功能模塊設(shè)計(jì),然后以VC++.n

5、et為開發(fā)平臺(tái),使用模塊化編程思想,構(gòu)建了針對中國大陸流行的A~D四種HBV基因型分析的HBV Drug Guide系統(tǒng)。
　　實(shí)驗(yàn)三:基于HBV drug guide軟件測試臨床乙型肝炎患者
　　收集臨床乙肝病毒感染患者的外周血血清,設(shè)計(jì)與合成P基因區(qū)和PreC/C基因區(qū)的核酸擴(kuò)增引物,提取DNA,PCR擴(kuò)增和測序,利用我們設(shè)計(jì)與開發(fā)的HBV Drug Guide系統(tǒng)進(jìn)行乙型肝炎病毒基因突變與疾病關(guān)聯(lián)分析,同時(shí)與Clust