雞MDA5、LGP2基因編碼區(qū)的中性選擇分析與遺傳分化分析.pdf

1、近年來，對禽流感病毒及其相關(guān)抗性基因的研究逐漸成為生物學(xué)和遺傳學(xué)研究的重點。而雞缺失禽類抗禽流感的重要基因RIG-1讓同一家族的MDA5和LGP2兩個基因成為了研究熱門。中性檢驗同樣是近年來遺傳學(xué)研究的重要內(nèi)容，以中性選擇的標(biāo)準(zhǔn)模型為零假設(shè)，計算相關(guān)統(tǒng)計量，檢驗其是否偏離中性假設(shè)的情況,得到目的區(qū)域的受選擇情況。本研究將中性檢驗、多態(tài)性分析與基因研究相結(jié)合，對MDA5和LGP2兩個基因的編碼區(qū)進行分析，找到候選位點。本實驗以華南農(nóng)業(yè)大學(xué)

2、保存的杏花雞、隱性白羽洛克雞、清遠麻雞、粵黃雞和絲羽烏骨雞，廣州市江豐實業(yè)有限公司保存的文昌雞，廣東海洋大學(xué)保存的貴妃雞和麒麟雞共8個品種為實驗材料，以茂名紅火番鴨種苗有限公司的黑羽番鴨為外群，擴增MDA5和LGP2編碼區(qū)，通過序列分析進行多態(tài)性、中性檢驗相關(guān)研究。兩個基因各有12和17個多態(tài)位點，其中各有一個位點被SIFT軟件預(yù)測為引起蛋白質(zhì)功能變化的潛在突變，并發(fā)現(xiàn)雞的不耐受位點比例高于番鴨。而貴妃雞的MDA5顯示出與其他品種不同的

3、高保守性和純合性。利用Fst參數(shù)對兩個基因進行品種間比較，發(fā)現(xiàn)貴妃雞的MDA5與其他品種分化較大，F(xiàn)st值都超過了0.5，顯示出極大的遺傳分化差異。連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)LGP2品種間存在一個單倍型塊，并與其他4個位點形成連鎖不平衡關(guān)系，MDA5存在三個位點兩兩連鎖的情況，這些位點可與被SIFT預(yù)測的位點共同作為基因功能研究的候選位點。另外，本實驗對兩個基因進行品種間中性選擇分析，通過Tajima和Fu and Li檢驗發(fā)現(xiàn)絲羽烏骨雞的LG