重性抑郁障礙長(zhǎng)鏈非編碼RNA的篩選及初步分析.pdf

1、目的
　　1.建立重性抑郁障礙外周血白細(xì)胞中差異LncRNA/mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)；
　　2.應(yīng)用生物學(xué)與信息學(xué)手段，篩選抑郁障礙差異表達(dá)的LncRNA并進(jìn)行初步分析。
　　方法
　　采用病例-對(duì)照研究，嚴(yán)格按照入排標(biāo)準(zhǔn)，收集病例組和對(duì)照組各10例，控制性別、年齡等因素后，對(duì)病例組和對(duì)照組進(jìn)行一一配對(duì)，采用DSM--IV軸I障礙定式臨床檢查（SCID-I/P)對(duì)重性抑郁障礙患者進(jìn)行篩查診斷，應(yīng)用漢密爾頓抑郁量表(H

2、AMD)進(jìn)行臨床癥狀的評(píng)定,要求病例組符合HAMD＞21分（17項(xiàng)）或35分（24項(xiàng)）。提取外周血總RNA，應(yīng)用微陣列技術(shù)使用Arrystar公司LncRNA芯片（可同時(shí)檢測(cè)LncRNA/mRNA），檢測(cè)外周血白細(xì)胞中的LncRNA、mRNA并進(jìn)行聚類(lèi)分析,比較病例組和對(duì)照組LncRNA差異表達(dá)的情況，并建立LncRNA/mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)；其次，查閱文獻(xiàn)報(bào)道抑郁障礙密切相關(guān)的mRNA以及上述方法檢測(cè)出的差異表達(dá)mRNA，結(jié)合芯片篩選

3、出的LncRNA，按照特定基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化信號(hào)強(qiáng)度，篩選出差異表達(dá)中起核心調(diào)控作用的LncRNA。使用NimbleScansoftware(version2.5）對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理后，采用SPSS17.0軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，在實(shí)驗(yàn)組、對(duì)照組先控制性別年齡，采用隨機(jī)方差模型（Randomvariancemodel，RVM）校正后進(jìn)行兩分類(lèi)差異基因篩選(Twoclassificationdifferencegeneticscreening，

4、TwoclassDif），采用t檢驗(yàn)方法，得到顯著差異表達(dá)的mRNA和LncRNA；對(duì)篩選到的差異mRNA和LncRNA進(jìn)行共表達(dá)（co-expression）分析，以P＜0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，篩選出在共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中起核心調(diào)控作用的LncRNA，并對(duì)其進(jìn)行初步分析。
　　結(jié)果
　　1.重性抑郁障礙患者外周血白細(xì)胞長(zhǎng)鏈非編碼RNA與對(duì)照組相比，差別具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05），共篩選出2795條差異表達(dá)mRNAs；960

5、條差異表達(dá)的LncRNAs，其中729條表達(dá)上調(diào)、231條表達(dá)下調(diào)，據(jù)此構(gòu)建重性抑郁障礙外周血白細(xì)胞中差異LncRNA/mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。
　　2.重性抑郁障礙患者外周血白細(xì)胞中chr1:29493450-29493605、chr1:76255317-76255564、chr3:47048304-47048512、chr5:134693047-134693150、chr10:27802593-27802714、chr10:103

6、554357-103554675、chr11:64534866-64535009、chr14:21698593-21698781、chrX:108927695-108927824、chr20:25670953-25671104、chr13：113570824-113570935等11條LncRNA的表達(dá)，差別具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）。
　　結(jié)論
　　1.重性抑郁障礙患者外周血LncRNA存在差異表達(dá)；
　　2.1