泥蚶微衛(wèi)星分子標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用及生長(zhǎng)相關(guān)基因HDAC1的克隆.pdf

1、利用泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文庫(kù)及454轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)中的序列,分別開發(fā)了17個(gè)基因組微衛(wèi)星位點(diǎn)和29個(gè)EST微衛(wèi)星位點(diǎn),并使用部分多態(tài)性微衛(wèi)星位點(diǎn)對(duì)泥蚶兩個(gè)地理群體的雙列雜交四個(gè)子代群體進(jìn)行了遺傳結(jié)構(gòu)分析,以期評(píng)估雜交子代的雜種優(yōu)勢(shì),為泥蚶雜交育種、種質(zhì)改良提供基礎(chǔ)資料;利用RACE和RT-PCR技術(shù),克隆了泥蚶生長(zhǎng)相關(guān)基因HDAC1,并檢測(cè)了其在不同組織的差異性表達(dá)情況,以作為泥蚶優(yōu)質(zhì)苗種選育的候補(bǔ)基因。

2、r>　　1、泥蚶基因組SSR和EST-SSR的開發(fā)及比較研究:
　　采用SSRHunter軟件在泥蚶磁珠富集文庫(kù)和454轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)中搜索核心序列長(zhǎng)度12 bp以上的2-6核苷酸重復(fù)序列,根據(jù)富集文庫(kù)所得基因組SSR側(cè)翼序列設(shè)計(jì)47對(duì)引物,可成功擴(kuò)增17對(duì)且均為多態(tài)性引物,多態(tài)率100％,平均等位基因數(shù)(Na)、觀測(cè)雜合度(Ho)、期望雜合度(He)、多態(tài)性信息含量(PIC)分別為6.8、0.468、0.785、0.733。1134

3、4條EST序列中得到1683個(gè)SSR位點(diǎn),檢出率14.83%,平均每3.85kb出現(xiàn)1個(gè)位點(diǎn)。根據(jù)部分EST序列設(shè)計(jì)120對(duì)引物,62對(duì)可擴(kuò)增出目的片段,其中29個(gè)位點(diǎn)具有多態(tài)性,多態(tài)率為46.77%,平均Na、Ho、He、PIC分別為4.2、0.372、0.554、0.500,均低于基因組SSR。雙變量相關(guān)性分析的結(jié)果表明,46個(gè)多態(tài)性SSR位點(diǎn)的核心序列長(zhǎng)度與其Na、Ho、He、PIC極顯著正相關(guān), Spearman相關(guān)系數(shù)分別為0

4、.632、0.387、0.657、0.664。
　　2、微衛(wèi)星對(duì)泥蚶兩個(gè)地理群體雙列雜交后代的遺傳結(jié)構(gòu)分析:
　　泥蚶的人工養(yǎng)殖近年來(lái)遇到了諸如遺傳多樣性降低、生長(zhǎng)性狀衰退等問題,為了評(píng)估使用雜交育種技術(shù)改良種質(zhì)資源的可能性,我們培育了泥蚶兩個(gè)地理群體的雙列雜交后代作為實(shí)驗(yàn)材料,使用14對(duì)SSR引物對(duì)四個(gè)后代群體的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行了檢測(cè)。結(jié)果顯示,兩個(gè)自交群體的平均期望雜合度和PIC值均高于雜交群體,但雜交群體的平均觀測(cè)雜合度要

5、高于自交群體。兩個(gè)雜交群體之間的遺傳分化系數(shù)(Fst)最高,達(dá)到了0.067,同時(shí)兩個(gè)自交群體之間的Fst值最小,為0.020。Nei氏無(wú)偏遺傳距離值與遺傳分化系數(shù)相一致,雜交群體之間遺傳距離最大,而自交群體之間遺傳距離最小。本研究表明了泥蚶雜交群體擁有相對(duì)較高的雜合度和遺傳變異,這為進(jìn)一步的育種工作提供了基礎(chǔ)。
　　3、HDAC1基因的克隆和表達(dá)差異性分析
　　HDAC1可通過使組蛋白去乙?；M(jìn)而調(diào)節(jié)基因表達(dá),在細(xì)胞分化和

6、胚胎早期發(fā)育中其重要作用。利用RACE技術(shù)對(duì)從泥蚶454轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)中檢索到的HDAC1基因cDNA片段進(jìn)行擴(kuò)增,經(jīng)過對(duì)測(cè)序結(jié)果的拼接得到了長(zhǎng)為2275 bp的HDAC1基因cDNA全長(zhǎng)序列,ORF分析表明HDAC1包括26 bp的5’非編碼區(qū)(5’-UTR),1587 bp的開放閱讀框(ORF),662 bp的3’非編碼區(qū)(3’-UTR),3’序列在距離加尾信號(hào) AATAAA246 bp處發(fā)現(xiàn)了 polyA尾巴。經(jīng)生物信息軟件的分析表明