靶向捕獲技術(shù)搜尋6p21.3區(qū)域鼻咽癌易感位點(diǎn)及初步功能研究

1、南方醫(yī)科大學(xué)2 0 0 9 級(jí)碩士學(xué)位論文靶向捕獲技術(shù)搜尋6 p 2 1 ．3 區(qū)域鼻咽癌易感位點(diǎn)及初步功能研究T a r g e t e n r i c h m e n t t e c h n o l o g y i d e n t i f i e sg e n e t i c l o c io fn a s o p h a r y n g e a l c a r c i n o m a w i t h i n 6 p 2 1 ．3a

2、 n dp r e l i m i n a r y 一- ． s t u d y - o n —p o s s i b l ef u n c t i o n s課題來(lái)源： 自選專 業(yè) 名學(xué)位申請(qǐng)指 導(dǎo) 教稱 病理學(xué)與病理生理學(xué)人 趙曼麗師 李欣教授答辯委員會(huì)主席答辯委員會(huì)成員鐘雪云教授姚開(kāi)泰教授安靚教授趙彤教授陳系古教授湛鳳凰教授肖東研究員論文評(píng)閱人 張雅潔教授方唯意副研究員20 12 年5 月1 日 廣州中文摘要骨關(guān)節(jié)炎、川崎病、強(qiáng)直

3、性脊柱炎等等。自1 9 7 4 年以來(lái)，許多研究發(fā)現(xiàn)在H L A 復(fù)合體中存在特定的H L A 單體型或者基因與鼻咽癌有著潛在的關(guān)聯(lián)。我們之前的m e t a 分析顯示在N P C 高發(fā)地區(qū)人群中H L A 分布特征不同于低發(fā)地區(qū)的。H L A 復(fù)合體無(wú)疑在鼻咽癌遺傳易感性中扮演重要角色，或者在調(diào)節(jié)抵抗E B 病毒感染的天然和特異性免疫反應(yīng)中有著重要作用，或者只是作為一個(gè)與易感位點(diǎn)緊密連鎖的遺傳標(biāo)記。近期，兩個(gè)研究組分別對(duì)臺(tái)灣地區(qū)和華南

4、地區(qū)鼻咽癌人群做了全基因組關(guān)聯(lián)研究( G e n o m e W i d eA s s o c i a t i o nS t u d y ，G W A S ) ，除了發(fā)現(xiàn)少數(shù)新的易感位點(diǎn)之外，都發(fā)現(xiàn)H L A 區(qū)域存在主要的鼻咽癌易感位點(diǎn)。新一代測(cè)序技術(shù)的迅猛發(fā)展，為人們對(duì)疾病的認(rèn)識(shí)，為疾病的預(yù)防、診斷及治療提供了新的思路。外顯子區(qū)域包含人體蛋白質(zhì)的編碼信息，涵蓋了大部分與個(gè)體表型相關(guān)的功能變異。外顯子僅占全基因組的1 ％，僅對(duì)外顯子測(cè)

5、序可以更加簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)、高效，可用于尋找單基因病、復(fù)雜疾病及癌癥等的致病基因和易感基因的研究。用S u r e S e l e c t 靶向富集系統(tǒng)，可以只對(duì)感興趣的基因區(qū)域進(jìn)行測(cè)序，提高工作效率，降低花費(fèi)，允許每次研究中檢測(cè)更多的樣品。同時(shí)對(duì)樣品D N A 量要求降低，使研究者可以使用更多的樣本以滿足統(tǒng)計(jì)學(xué)上的要求。目的基于M H C 是鼻咽癌重要的易感區(qū)域，而人M H C 基因組又比較復(fù)雜，我們利用安捷倫S u r e S e l e

6、 c t 靶向序列捕獲系統(tǒng)，全面精細(xì)地捕獲外顯子和調(diào)控區(qū)域，以期找出功能相關(guān)的S N P 位點(diǎn)，為進(jìn)一步尋找鼻咽癌易感基因提供參考。方法1 ．利用靶向捕獲系統(tǒng)結(jié)合高通量測(cè)序?qū) H C 區(qū)域易感位點(diǎn)初步篩查( 1 ) 在安捷倫e A r r a y 網(wǎng)站上設(shè)計(jì)探針，并訂制S u r e S e l e c t 靶向捕獲試劑盒。( 2 ) 依照試劑盒說(shuō)明書(shū)處理4 0 例鼻咽癌樣本D N A ，然后在新一代高通量測(cè)序儀上測(cè)序。( 3 ) 將