靶向捕獲技術(shù)搜尋6p21.3區(qū)域鼻咽癌易感位點及初步功能研究

1、南方醫(yī)科大學2 0 0 9 級碩士學位論文靶向捕獲技術(shù)搜尋6 p 2 1 ．3 區(qū)域鼻咽癌易感位點及初步功能研究T a r g e t e n r i c h m e n t t e c h n o l o g y i d e n t i f i e sg e n e t i c l o c io fn a s o p h a r y n g e a l c a r c i n o m a w i t h i n 6 p 2 1 ．3a

2、 n dp r e l i m i n a r y 一- ． s t u d y - o n —p o s s i b l ef u n c t i o n s課題來源： 自選專 業(yè) 名學位申請指 導 教稱 病理學與病理生理學人 趙曼麗師 李欣教授答辯委員會主席答辯委員會成員鐘雪云教授姚開泰教授安靚教授趙彤教授陳系古教授湛鳳凰教授肖東研究員論文評閱人 張雅潔教授方唯意副研究員20 12 年5 月1 日 廣州中文摘要骨關(guān)節(jié)炎、川崎病、強直

3、性脊柱炎等等。自1 9 7 4 年以來，許多研究發(fā)現(xiàn)在H L A 復合體中存在特定的H L A 單體型或者基因與鼻咽癌有著潛在的關(guān)聯(lián)。我們之前的m e t a 分析顯示在N P C 高發(fā)地區(qū)人群中H L A 分布特征不同于低發(fā)地區(qū)的。H L A 復合體無疑在鼻咽癌遺傳易感性中扮演重要角色，或者在調(diào)節(jié)抵抗E B 病毒感染的天然和特異性免疫反應中有著重要作用，或者只是作為一個與易感位點緊密連鎖的遺傳標記。近期，兩個研究組分別對臺灣地區(qū)和華南

4、地區(qū)鼻咽癌人群做了全基因組關(guān)聯(lián)研究( G e n o m e W i d eA s s o c i a t i o nS t u d y ，G W A S ) ，除了發(fā)現(xiàn)少數(shù)新的易感位點之外，都發(fā)現(xiàn)H L A 區(qū)域存在主要的鼻咽癌易感位點。新一代測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，為人們對疾病的認識，為疾病的預防、診斷及治療提供了新的思路。外顯子區(qū)域包含人體蛋白質(zhì)的編碼信息，涵蓋了大部分與個體表型相關(guān)的功能變異。外顯子僅占全基因組的1 ％，僅對外顯子測

5、序可以更加簡便、經(jīng)濟、高效，可用于尋找單基因病、復雜疾病及癌癥等的致病基因和易感基因的研究。用S u r e S e l e c t 靶向富集系統(tǒng)，可以只對感興趣的基因區(qū)域進行測序，提高工作效率，降低花費，允許每次研究中檢測更多的樣品。同時對樣品D N A 量要求降低，使研究者可以使用更多的樣本以滿足統(tǒng)計學上的要求。目的基于M H C 是鼻咽癌重要的易感區(qū)域，而人M H C 基因組又比較復雜，我們利用安捷倫S u r e S e l e

6、 c t 靶向序列捕獲系統(tǒng)，全面精細地捕獲外顯子和調(diào)控區(qū)域，以期找出功能相關(guān)的S N P 位點，為進一步尋找鼻咽癌易感基因提供參考。方法1 ．利用靶向捕獲系統(tǒng)結(jié)合高通量測序?qū) H C 區(qū)域易感位點初步篩查( 1 ) 在安捷倫e A r r a y 網(wǎng)站上設(shè)計探針，并訂制S u r e S e l e c t 靶向捕獲試劑盒。( 2 ) 依照試劑盒說明書處理4 0 例鼻咽癌樣本D N A ，然后在新一代高通量測序儀上測序。( 3 ) 將