應(yīng)用454測(cè)序技術(shù)分析菌群結(jié)構(gòu)的方法學(xué)研究.pdf

1、微生物以群落的形式廣泛存在于自然界中。群落的組成決定其生物功能。以454焦磷酸測(cè)序?yàn)榇淼男乱淮鷾y(cè)序技術(shù)憑借低成本、高通量、流程自動(dòng)化的優(yōu)勢(shì)為研究微生物群落結(jié)構(gòu)提供了新的技術(shù)平臺(tái)。然而,如何更好地利用454測(cè)序并進(jìn)行后續(xù)的數(shù)據(jù)分析一直是廣受關(guān)注的問(wèn)題。本研究從以下三個(gè)方面進(jìn)行了探究。首先在本實(shí)驗(yàn)室獲取的真實(shí)數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上,模擬了分別由16S rRNA V1-V2, V3和V6區(qū)獲取的454片段組成的菌群結(jié)構(gòu)信息,并與16S rRNA全長(zhǎng)序列

2、獲得的群落結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較。結(jié)果顯示,這些可變區(qū)均能獲得與全長(zhǎng)序列相當(dāng)?shù)娜郝浣Y(jié)構(gòu),但V6區(qū)反映的微生物多樣性過(guò)高,和全長(zhǎng)序列在屬的水平上相關(guān)性較低。接著,在對(duì)現(xiàn)行454數(shù)據(jù)分析方法整合和改進(jìn)的基礎(chǔ)上,建立了一套包含序列質(zhì)量控制、序列比對(duì)、距離矩陣計(jì)算、操作分類單元?jiǎng)澐帧⒍鄻有苑治?、分類地位鑒定和系統(tǒng)進(jìn)化分析等步驟的分析流程。用該流程對(duì)真實(shí)的454測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,得到了和16S rRNA全長(zhǎng)序列相吻合的結(jié)果。同時(shí)發(fā)現(xiàn),樣本平均測(cè)序量為800