應用hisA基因分型和時間飛行質譜快速鑒定伯克霍爾德菌群方法學比較研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、目的:
   應用基質輔助激光解吸/電離飛行時間質譜(Matrix-assisted LaserDesorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry, MALDI-TOF MS)蛋白提取法和hisA基因測序快速鑒定伯克霍爾德菌群,旨在建立快速準確的鑒定方法。并對臨床分離的伯克霍爾德菌群進行分子分型。
   方法:
   收集117株臨床分離的伯克霍爾德菌群,

2、將菌種接種于哥倫比亞血平板和中國蘭平板,37℃孵育,挑取菌落采用MALDI-TOF MS蛋白提取法快速鑒定細菌;提取基因組DNA,采用hisA基因測序方法對其進行分子分群,同時以16S rRNA基因測序方法為標準,對兩方法進行比較。
   結果:
   hisA基因測序鑒定結果:94株新洋蔥伯克霍爾德菌(Burkhoderia cencepacia,GⅢ型),11株多嗜伯克霍爾德菌(B.multivorans,GⅡ型),

3、9株洋蔥伯克霍爾德菌(B.cepacia,GⅠ型),3株越南伯克霍爾德茵(B.vietnamiensisGⅤ)。與hisA基因測序相比,16S rRNA基因測序結果9株洋蔥伯克霍爾德菌不能與穩(wěn)定伯克霍爾德菌(B.stabilis,GⅣ)區(qū)別,其余鑒定結果與其一致,符合率92.3%。MALDI-TOFMS鑒定分數(shù)均值2.173,1株結果不可信(分值<1.700),21株鑒定到屬(分值1.700-2.000),29已鑒定至屬,有可能鑒定到種

4、(分值2.000-2.300),56株可以鑒定到種。117株洋蔥伯克霍爾德菌群MALDI-TOF MS蛋白提取法鑒定結果同hisA基因測序結果均符合,鑒定符合率100%。臨床菌株分離率新洋蔥伯克霍爾德菌(GⅢ型)占80.3%(94/117),多嗜伯克霍爾德菌(GⅡ型)占9.4%,洋蔥伯克霍爾德菌(GⅠ型)占7.7%,越南伯克霍爾德菌(GⅤ型)占2.6%(3/117)。
   結論:
   1、使用Vitek2 compa

5、ct全自動細菌鑒定儀鑒定伯克霍爾德菌菌群時,不能有效將各種基因型分離開來,但其鑒定耗時較短。16s rRNA基因測序鑒定伯克霍爾德菌也只能區(qū)分一部分基因型,不能全部鑒定到種,并且這種方法花費3天左右才能完成。
   2,使用HisA基因測序的方法鑒定伯克霍爾德菌菌群時,鑒定結果準確。本實驗中,hisA基因測序的方法將伯克霍爾德菌菌群區(qū)分為四個基因型。但這種方法與16srRNA基因測序一樣花費時間較長。
   3,MALD

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