呼腸孤病毒刺激下草魚脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析.pdf

1、分類號：密級：公開UDC：學(xué)號：407332414004南昌大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文呼腸孤病毒刺激下草魚脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析呼腸孤病毒刺激下草魚脾臟轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析TranomeDataAnalysisofSpleenofGrassCarpInfectedbyReovirus戴早培養(yǎng)單位(院、系)：生命科學(xué)學(xué)院指導(dǎo)教師姓名、職稱：林剛副教授申請學(xué)位的學(xué)科門類：理學(xué)學(xué)科專業(yè)名稱：細(xì)胞生物學(xué)論文答辯日期：2017年5月26日答辯委員會：評閱人：2

2、017年月日摘要摘要草魚是我國一類重要的經(jīng)濟(jì)魚類，但在養(yǎng)殖過程中，草魚出血病病毒(呼腸孤病毒)導(dǎo)致了草魚在養(yǎng)殖過程中大量的死亡。通過對草魚的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可以從整體的角度去研究草魚抵抗呼腸孤病毒的分子機(jī)理和生物進(jìn)程。在本研究中，從NCBI下載了SRA099702的原始數(shù)據(jù)。并對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行了常規(guī)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)分析。本研究通過常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析（TophatHTSeqDESeq），發(fā)現(xiàn)了50個極顯著差異的基因。同時，共表

3、達(dá)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)分析（TophatCufflinksWGCNACytoscape）得到了84個極顯著差異的基因。其中ISG15和sacsinlike在這些差異顯著的基因中表達(dá)量呈上調(diào)。將兩者的差異基因取交集后發(fā)現(xiàn)ISG15(類泛素化基因)在共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中處于核心基因的地位。對兩類差異基因進(jìn)行KEGG的富集分析（KOBAS）后發(fā)現(xiàn)流感病毒A感染人類的信號通路與呼腸孤病毒感染草魚的信號通路相似。通過熒光定量PCR和對另一組轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(SRP0490