多重耐藥鮑曼不動桿菌的分子流行病學(xué)和耐藥相關(guān)機(jī)制的研究.pdf

1、本文對多重耐藥鮑曼不動桿菌的分子流行病學(xué)和耐藥相關(guān)機(jī)制進(jìn)行了研究。本研究分為四個部分：
　　 第一部分：我院2007年鮑曼不動桿菌暴發(fā)性感染相關(guān)多重耐藥株的分子流行病學(xué)研究。
　　 目的：研究2007年解放軍總醫(yī)院鮑曼不動桿菌暴發(fā)性感染代表性病原菌的分子流行病學(xué)特征。
　　 方法：用基于最小生成樹分析的MLST分型技術(shù),鑒定暴發(fā)性感染相關(guān)A1、B1、C1克隆的代表性菌株:編號為37、34、42的菌株。
　　

2、 結(jié)果：菌株37、34、42鮑曼不動桿菌的,MLST相關(guān)7個管家基因的等位基因編碼都是2-2-2-2-2-2-2,對應(yīng)于2型克隆復(fù)合體的序列2型.因為2型克隆復(fù)合體對應(yīng)歐洲2型克隆,據(jù)此可斷定這3株菌株分別屬于歐洲2型克隆的不同亞克隆.
　　 結(jié)論：2007年解放軍總醫(yī)院鮑曼不動桿菌暴發(fā)性感染相關(guān)A1、B1、C1克隆同屬于歐洲2型克隆,此次暴發(fā)型感染系由歐洲2型克隆的不同亞克隆共同引發(fā)。
　　 第二部分：NCBI“基因

3、組計劃數(shù)據(jù)庫”鮑曼不動桿菌全基因組數(shù)據(jù)的MLST相關(guān)生物信息學(xué)研究。
　　 目的：應(yīng)用生物信息學(xué)方法研究NCBI“基因組計劃數(shù)據(jù)庫”(Genome Projectdatabase)中各鮑曼不動桿菌全基因組數(shù)據(jù)的分子流行病學(xué)特征,為進(jìn)一步研究多重耐藥相關(guān)機(jī)制提供線索。
　　 方法：以前述MLST分型技術(shù),分析“基因組計劃數(shù)據(jù)庫”中各鮑曼不動桿菌全基因組數(shù)據(jù),對這些菌株進(jìn)行分子流行病學(xué)鑒定.
　　 結(jié)果：數(shù)據(jù)庫中6株

4、菌株的7個管家基因的等位基因編碼為2-2-2-2-2-2-2,對應(yīng)于2型克隆復(fù)合體的序列2型,為歐洲2型克隆菌株.另外3株菌株的等位基因編碼為1-1-1-1-5-1-1和3-1-1-1-5-1-1,對應(yīng)于1型克隆復(fù)合體的序列1型和20型.因為1型克隆復(fù)合體對應(yīng)歐洲1型克隆,故這3株菌株都屬于歐洲1型克隆。數(shù)據(jù)庫中其余各菌株的序列型分別為49型、52型、81型等,為非流行性克隆菌株。
　　 結(jié)論：NCBI“基因組計劃數(shù)據(jù)庫”中,保

5、存有多株歐洲1型和2型克隆菌株的全基因組序列,為研究相關(guān)克隆的多重耐藥相關(guān)機(jī)制提供了豐富的信息。
　　 第三部分：我院歐洲2型克隆菌株AbaR基因島的研究。
　　 目的：研究2007年解放軍總醫(yī)院鮑曼不動桿菌暴發(fā)性感染代表性病原菌——?dú)W洲2型克隆菌株42的AbaR基因島。
　　 方法：(1)首先通過AbaR基因島標(biāo)志性結(jié)構(gòu)的PCR,了解菌株42 AbaR基因島的大致結(jié)構(gòu)。(2)然后以NCBI“基因組計劃數(shù)據(jù)庫”中

6、,相對應(yīng)的歐洲2型克隆菌株6014059的 AbaR基因島序列為模板設(shè)計引物,對菌株42的AbaR基因島進(jìn)行完全測序.(3)最后將該AbaR基因島與其他已報道的AbaR基因島進(jìn)行比較；對該AbaR基因島進(jìn)行注釋；分析“標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島”和非標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島的結(jié)構(gòu)差異,探討其在歐洲1型和2型克隆廣泛播散過程中的作用.
　　 結(jié)果：(1)菌株42存在AbaR基因島.該基因島與攜帶多重耐藥區(qū)(MARR)的“標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島”差異

7、明顯,而與非標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島聯(lián)系緊密。(2)該基因島為一段長達(dá)10kb的序列,該序列與菌株6014059的AbaR基因島基本相同,但有一段2.8kb的序列丟失.(3)Tn6021構(gòu)成非標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島的主體,其獨(dú)有結(jié)構(gòu)是一個1.2kb的區(qū)域,該區(qū)域在構(gòu)成“標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島”的 Tn6019中被一個砷耐藥相關(guān)操作子(arSHBRC)取代。在Tn6019和Tn6021中,uspA的部分和緊鄰的sup,其序列相似性明顯低于主體結(jié)構(gòu)的平均

8、水平,提示 Tn6019或Tn6021在該區(qū)域可能存在與其他遺傳結(jié)構(gòu)的同源重組；對歐洲1型克隆流行具有重要意義的MARR即插入于這一狹小區(qū)域,因而該同源重組可能為MARR的插入提供了重要的識別位點(diǎn)。
　　 結(jié)論：所有已知?dú)W洲1型克隆MDR株都攜帶“標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島”；歐洲2型克隆菌株ACICU攜帶殘缺的“標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島”,另有部分歐洲2型克隆MDR株攜帶Tn6021為主體且不含耐藥基因的非標(biāo)準(zhǔn)AbaR基因島。因而AbaR基

9、因島在歐洲2型克隆的表現(xiàn)更加復(fù)雜；而且其作用并不象在歐洲1型克隆中那么重要。
　　 第四部分：鮑曼不動桿菌歐洲1型克隆多重耐藥相關(guān)基因島的生物信息學(xué)研究。
　　 目的：應(yīng)用生物信息學(xué)方法分析NCBI“基因組計劃數(shù)據(jù)庫”中,歐洲1型克隆多重耐藥株及抗生素敏感株全基因組數(shù)據(jù),預(yù)測多重耐藥相關(guān)基因島,為進(jìn)一步實驗提供線索。
　　 方法：首先利用Barcode軟件分析歐洲1型克隆多重耐藥株AYE的全基因組序列,獲取其基因

10、組條碼圖及定長DNA串頻率異常序列.隨后將這些序列與歐洲1型克隆多重耐藥株AB0057和抗生素敏感株AB307-0294的全基因組序列進(jìn)行比對,尋找可能與多重耐藥相關(guān)的部分進(jìn)行進(jìn)一步分析。
　　 結(jié)果：經(jīng)Barcode軟件計算得出:菌株AYE的定長DNA串出現(xiàn)頻率異常的區(qū)域共有217個。其中編號為166的區(qū)域,位于菌株AYE全基因組序列2904291bp至2925291 bp處.該區(qū)域同時存在整合子一類整合酶基因,因而極可能為一