基于BRB-ArrayTools挖掘與TGF-β致肺纖維化疾病的相關(guān)分子靶點(diǎn).pdf

1、目的：基于生物信息學(xué)方法在兩種肺纖維化疾病模型中探尋TGF-β致肺纖維化疾病的分子靶點(diǎn)。
　　 方法：運(yùn)用BRB-ArrayTools軟件，從TGF-β作用肺成纖維細(xì)胞基因芯片數(shù)據(jù)集GSE1724和BLM作用C57小鼠肺組織基因芯片數(shù)據(jù)集GSE485中，篩選出差異表達(dá)基因。然后運(yùn)用DAVID生物信息學(xué)在線工具對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能聚類，結(jié)合KEGG代謝通路和BioCarta調(diào)控通路數(shù)據(jù)庫進(jìn)行生物學(xué)通路分析，運(yùn)用MSigDB分子特

2、征數(shù)據(jù)庫搜尋差異表達(dá)基因[-2kb，2kb]區(qū)域富集的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)來分析差異表達(dá)基因的生物學(xué)功能。
　　 結(jié)果：①通過分析TGF-β與BSA作用正常組成纖維細(xì)胞后的表達(dá)譜差異，篩選出35個(gè)差異表達(dá)基因；分析TGF-β與BSA作用IPF成纖維細(xì)胞后的表達(dá)譜差異，篩選出27個(gè)差異表達(dá)基因。正常組差異表達(dá)基因大多與轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)，IPF組差異表達(dá)基因多與多糖類信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、生長因子、微管發(fā)生相關(guān)。正常組中Hedgehog信號(hào)通路受調(diào)控，

3、該通路中GAS1、IHH、BMP4表達(dá)下調(diào)。②分析BLM作用C57小鼠1、3、14天后與對照組表達(dá)譜差異，分別篩選出190、345和527個(gè)差異表達(dá)基因。差異表達(dá)基因顯著聚集于趨化因子、膜蛋白、血清蛋白、補(bǔ)體成分、免疫球蛋白、鈣粘蛋白、基質(zhì)金屬蛋白酶、前膠原類。受調(diào)控的有Toll樣受體、CCR5、ECM受體、補(bǔ)體途徑、TGF-β通路；富集度較高的有AP1、SRF、NF-κB等轉(zhuǎn)錄因子。
　　 結(jié)論：本文采用生物信息學(xué)手段分析兩種