鴨源多殺性巴氏桿菌的分離鑒定及其CRISPR位點的分布和結構特征.pdf

1、多殺性巴氏桿菌（Pasteurella multocida,PM）是一種引起畜禽發(fā)生出血性敗血癥或傳染性肺炎的病原菌，可在多種健康動物的口腔、咽部黏膜中存活。該菌廣泛分布于世界各地，對養(yǎng)鴨業(yè)造成重大經濟影響。由于抗生素濫用，使該菌耐藥情況愈來愈嚴重。耐藥基因的水平轉移是多殺性巴氏桿菌獲得耐藥性的主要方式之一，而原核細胞中發(fā)現(xiàn)的CRISPR-Cas系統(tǒng)，能有效阻止基因水平轉移。為今后深入探究多殺性巴氏桿菌中CRISPR-Cas系統(tǒng)與其耐藥

2、性之間的關系，本課題首次對多殺性巴氏桿菌中CRISPR序列結構進行解析，并初步探討了CRISPR位點與多殺性巴氏桿菌耐藥情況之間的關系。
　　本研究首先對來自4個不同規(guī)模化鴨場的疑似禽霍亂病料剖檢，病鴨呈全身出血性敗血癥，心外膜、心冠脂肪大面積出血，全身黏膜、漿膜點狀出血，肝臟有針尖狀白色壞死灶等典型癥狀。經麥康凱培養(yǎng)基篩選、革蘭染色、PCR、Biolog全自動微生物鑒定系統(tǒng)，獲得4株臨床分離株均為多殺性巴氏桿菌，經K-B紙片藥敏

3、實驗均表現(xiàn)為多重耐藥。
　　為進一步分析多殺性巴氏桿菌中CRISPR-Cas系統(tǒng)序列結構，先后提取4株臨床分離株及7株實驗室保存的多殺性巴氏桿菌全基因組，進行高通量測序，同時從NCBI下載11株多殺性巴氏桿菌全基因組序列，對總共22株多殺性巴氏桿菌基因組上的CRISPR-Cas系統(tǒng)進行比對。通過CRISPR-Cas系統(tǒng)分布情況，以及對先導序列、重復序列、間隔序列的分析，結果表明，在22株多殺性巴氏桿菌基因組上存在三種類型的CRIS

4、PR-Cas系統(tǒng):Ⅰ-F型、Ⅱ-C型和Ⅲ-U型，且存在以下特征:1、每種CRISPR-Cas系統(tǒng)中，先導序列、重復序列及Cas蛋白三者之間相互影響;2、Ⅰ-F型系統(tǒng)中，重復序列第4位堿基突變對二級結構影響最大，Ⅲ-U型系統(tǒng)中，重復序列第9位堿基突變對二級結構影響最大;3、在三種系統(tǒng)中，共1314個間隔序列，但僅一例多殺性巴氏桿菌噬菌體F108與間隔序列匹配;4、不同地理位置分離的菌株，所包含的間隔序列數(shù)量存在差異。同時，為了解目前生產中