低劑量MNNG誘導(dǎo)共表達(dá)的蛋白基因啟動(dòng)子區(qū)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位分析.pdf

1、蛋白質(zhì)表達(dá)可以在多個(gè)水平受到調(diào)控,但是最重要的調(diào)控發(fā)生于轉(zhuǎn)錄起始階段.該研究對(duì)我們實(shí)驗(yàn)室前述的蛋白質(zhì)組學(xué)研究結(jié)果進(jìn)行了進(jìn)一步分析,對(duì)表達(dá)上調(diào)的八個(gè)蛋白質(zhì)的編碼基因啟動(dòng)子區(qū)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位預(yù)測(cè),以了解這些蛋白質(zhì)之間是否存在共同的轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路.我們首先獲得這些蛋白質(zhì)的編碼基因,再通過基因組間比較得到它們?cè)谛∈笾械耐椿蚣捌鋯?dòng)子.為降低假陽性率,提高預(yù)測(cè)可靠性,采用進(jìn)化足跡方法(phylogenetic footpriming),獲取

2、同源基因啟動(dòng)子的保守區(qū),搜索TRANSFAC轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位(transcription factor binding sites)位置權(quán)重矩陣(position weight matrices,PWM)數(shù)據(jù)庫,篩選出在這些基因啟動(dòng)子保守區(qū)中共同存在的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位.并用凝膠阻滯試驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證,確定有關(guān)轉(zhuǎn)錄因子是否在MNNG處理的細(xì)胞中發(fā)生反應(yīng).結(jié)論:NFY和GATA轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位可能參與對(duì)MNNG誘導(dǎo)的共表達(dá)蛋白的轉(zhuǎn)錄調(diào)控.進(jìn)化足跡