廣西豬嵴病毒的感染狀況調(diào)查與基因序列分析.pdf

1、本研究采用RT-PCR方法對(duì)從廣西9個(gè)地市采集的豬腸樣以及豬糞便樣品進(jìn)行了豬嵴病毒(PKV)的檢測(cè),從498份樣品中檢測(cè)出159份陽性,陽性率為31.9％,從陽性病料中挑選21株豬嵴病毒毒株進(jìn)行完整的ORF基因測(cè)序分析。在這21株毒株中有14株毒株ORF全長(zhǎng)7467bp,編碼2488個(gè)氨基酸;有7株毒株在2B基因位置連續(xù)缺失90個(gè)堿基,ORF全長(zhǎng)7377bp,編碼2458個(gè)氨基酸。廣西毒株的多聚蛋白的預(yù)測(cè)剪切位點(diǎn)與 PKV標(biāo)準(zhǔn)毒株S-1

2、一致。
　　廣西毒株的完整ORF框與豬嵴病毒的參考毒株進(jìn)行同源性比對(duì),發(fā)現(xiàn)這些毒株的核苷酸同源性為86.5%-90.3%,氨基酸同源性為93.0%-97.2%;與其他動(dòng)物源性的嵴病毒相比,同源性最高的是羊源,核苷酸同源性為73.2%-74.1%,氨基酸同源性為77.0%-78.2%;而同源性最低的是人源,核苷酸和氨基酸同源性分別為57.9%-59.0%和60.6%-61.5%。分析豬嵴病毒各個(gè)基因片段,發(fā)現(xiàn)21株毒株與豬嵴病毒參考

3、毒株核苷酸變異最大的是VP0,同源性僅為79.8%-89.7%,而突變最小的為3D,同源性高達(dá)91%-94%;氨基酸方面,氨基酸變化最大的是 VP1,同源性為85%-98.4%,氨基酸變化最小的是2C,同源性為97%-100%。
　　對(duì)21株豬嵴病毒關(guān)鍵位點(diǎn)的分析發(fā)現(xiàn),位于3D區(qū)域3個(gè)關(guān)鍵氨基酸模體KDELR、YGDD和FLKR高度保守;2A區(qū)域H-box/NC氨基酸基序HWAL和NCTHFV以及2C編碼的第131-138位的小R

4、NA病毒解旋酶核酸結(jié)合區(qū) GPPGTGKS也未發(fā)生突變;3C蛋白氨基酸中組成 H-D-C的小RNA病毒的催化三聯(lián)體的第43、86位和145位上的氨基酸以及參與胰蛋白樣蛋白酶的基質(zhì)結(jié)合過程的第163位氨基酸都高度保守。
　　分析VP1基因的遺傳進(jìn)化關(guān)系,可以將豬嵴病毒分為4個(gè)群,廣西毒株位于其中的3個(gè)群:日本、泰國(guó)毒株為主的I群;匈牙利毒株為主的II群;一些中國(guó)毒株為主的IV群。分析廣西毒株的基因片段來源,發(fā)現(xiàn)GXPKV-7的VP1